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目的：应用基质辅助的激光解吸离子化/飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术建立类风湿性关节炎(RA)患者的血清蛋白质指纹图谱,筛选血清特异性生物标志物,用于RA的早期诊断和鉴别诊断,判断病情活动和预测疾病进展。方法：1.采用弱阳离子磁珠处理和MALDI-TOF-MS技术检测60例就诊的RA患者、20例骨关节炎(OA)患者和38例健康对照者的血清蛋白质指纹图谱。以健康者为正常对照,用MALDI质谱仪自带的Flexanalysis3.3和ClinProTools2.1软件初步筛选RA患者中特异性表达的蛋白质,经遗传学算法结合KNN,初步建立RA的分类诊断模型,再进一步用ClinProTools2.1软件对诊断模型验证。以OA患者为疾病对照,经软件筛选和统计,建立疾病RA与OA的鉴别诊断模型。2.将60例RA患者分为活动期(42例)与非活动期(18例)、CCP阳性(48例)与阴性(12例)等类型,同样采用Flexanalysis3.3及ClinProTools2.1软件建立疾病相关预测模型,探讨用于预测RA病情活动及疾病发生发展的可能性。结果：1.RA患者与健康对照者比较,对建模组的40例RA患者和21例健康者的血清蛋白质谱,经Flexanalysis3.3和ClinProTools2.1软件平台初步筛选得到42个差异表达的蛋白质(P<0.05),有25个在RA中表达上调,17个表达下调。在差异蛋白峰中选用最佳化的组合建立模型：m/z分别为1539.87Da、1860.82Da、4169.78Da和4245.39Da,其中m/z1860.82Da的蛋白峰表达上调,m/z1539.87Da、4169.78Da和4245.39Da的蛋白峰表达下调,该模型的识别率为98.81%,交叉验证能力为93.24%。并且不同差异峰用于分类而得到的ROC (Receiver Operating Characteristic, ROC)曲线的AUC (Areas Under Curve, AUC)值均>0.96,显示高灵敏度和高特异性。对验证组的20例RA患者经ClinProTools2.1软件带有的验证功能验证后,该诊断模型的灵敏度为90%(18/20),特异性为100%(17/17)。2.RA患者与OA患者比较,对60例RA患者和20例OA患者的血清蛋白质谱,经Flexanalysis3.3和ClinProTools2.1软件平台初步筛选得到32个差异表达的蛋白质(P<0.05),有23个在RA中表达下调,9个表达上调。在差异蛋白峰中选用最佳化的组合建立模型：m/z分别为1540.63Da、1612.02Da.2102.54Da、4169.91Da、4245.92Da,在RA疾病中均呈低表达。该模型的识别率为95.98%,交叉验证能力90.34%。3.活动期与非活动期RA患者比较,以临床指标DAS分组,对活动期(DAS≥2.6)与非活动期(DAS<2.6)的RA患者血清标本经MB-WCX磁珠分离纯化后用MALDI-TOF MS技术采集蛋白质指纹图谱,用Clinprotools2.1软件筛选得到3个差异表达的蛋白(强度上存在超过两倍的倍数变化即平均强度定量>2或<0.5,P<0.05)。与非活动期相比,活动期的RA患者血清有1条为下调表达的蛋白(m/z2269.1Da),另2条为上调表达的多肽(m/z3912.2Da、4965.1Da)可能是指示RA疾病患者的个性化差异的蛋白。4.抗CCP阳性和抗CCP阴性的RA患者比较,对抗CCP阳、阴性分组的RA患者经MB-WCX磁珠分离纯化后用MALDI-TOF MS技术采集蛋白质指纹图谱,用Clinprotools2.1软件筛选得到2个差异表达的蛋白质(P<0.05)。抗CCP阳性的RA患者血清蛋白(m/z1773.4Da、1860.8Da)表达上调,与anti-CCP阴性的RA蛋白表达有显著性差异,可能提示存在与抗CCP相关联的蛋白多肽。结论：结合磁珠前处理的MALDI-TOF MS技术建立的血清蛋白质指纹图谱可有效筛选出RA患者血清中的特异性蛋白质标志物,这些蛋白质可能在RA发病过程中发挥重要作用,为RA的早期诊断分类,预测疾病进展和判断病情活动提供了可靠的临床技术平台。