放线菌是产生生物活性物质最多的一类重要微生物。在已知的抗生素中有70％是放线菌产生的。据统计日本1982～1998年间发现的新抗生素有50～88％是由放线菌产生。因此，放线菌是寻找新型生物活性物质的重要资源。近年来，由于从链霉菌中大量的抗生素被重复发现，人们把研究的重点转移到发掘稀有放线菌上。 针对细胞壁Ⅱ、Ⅳ型的稀有放线菌，我们开展了选择性分离方法的研究。从哀牢山，西双版纳等原始森林采集土壤样品，进行稀有放线菌的分离。通过采用不同的预处理方法及不同培养基探索分离效果，研究结果显示改良的淀粉—酪素琼脂分离效果较好，对胞壁Ⅱ-Ⅳ型放线菌有一定的选择性。采用MOPS和脱脂牛奶对土壤放线菌进行富集处理，用添加新生霉素的HSG作为分离培养基，对稀有放线菌的选择性好。 为了快速去重复，我们利用五种限制性内切酶对分离到的小单孢菌类群中的部分代表菌株进行酶切图谱的聚类分析，结果表明综合分析五种限制性酶的酶切图谱，能快速将实验菌株分群，有利于去除重复菌株。单独使用酶SmaⅠ能将形态类似小单胞菌的其它属的稀有放线菌区分出来。 对分离到的5株胞壁Ⅱ、Ⅳ型的稀有放线菌菌株采用形态特征、培养特征，生理生化测定，细胞化学组份分析，16SrRNA基因序列分析以及DNAG+Cmol％测定和DNA同源性分析等相结合的多相分类技术进行了系统分类研究。通过表型、基因型及系统发育三个不同层次的综合分析，最终确定了实验菌株的分类地位：菌株YIM45508为链孢菌属(Catellatospora)的一个新种，命名为玉溪链孢菌(Catellatosporayuxiensis)；菌株YIM45505，YIM45506，YIM45517，YIM45552都属于假诺卡氏菌属(Pseudonocardia)，菌株YIM45552与Pseudonocardiahydrocarbonxydas的相似性为97.2％，命名为新化假诺卡氏菌(Pseudonocardiaxinhuaensis)；菌株YIM45505，YIM45506和YIM45517与Pseudonocardiahalophobica的相似性分别为97.2％，98.1％和98.1％。建议菌株YIM45505定名为哀牢山假诺卡氏菌(Pseudonocardiaailaoshanensis)；菌株YIM45506和YIM45517有待与相近种Pseudonocardiahalophobica的DNA分子杂交后再确定。