近年来,随着养牛业的飞速发展和人们对牛肉牛奶需求量的日益增加,引进商业化品种也在不断上升,加之全球气候变化和新动物疫病频发,导致云南家牛地方品种资源不断流失甚至有些品种有濒临灭绝的危险。因而,对云南家牛地方品种的种质资源保护及其可持续利用已刻不容缓。就国内外当前对家牛地方品种资源的研究现状而言,运用线粒体DNA(mtDNA)测序对家牛遗传多样性和起源等方面进行研究已非常成熟。鉴于此,本研究应用现代分子生物学手段对云南家牛地方品种的mtDNA D-环区(D-loop)进行了遗传多样性及其分布格局的分析,以期为云南家牛地方品种资源保护提供科学依据。本研究分析了云南的6个家牛地方品种:邓川牛30个、昭通牛32个、滇中牛30个、云南高峰牛36个、文山牛31个和迪庆牛32个,共计191个样本进行研究。首先,测定了各个地方品种的mtDNA D-loop区全序列,结果显示:mtDNA D-loop区全序列长度为910bp/911bp,检测到变异位点82个,定义了 79个单倍型,包括41个普通牛(Bos taurus)单倍型和38个瘤牛(Bosindicus)单倍型;平均核苷酸差异为22.532,单倍型多样度为0.959,核苷酸多样度为0.025,表明云南家牛地方品种的遗传多样性非常丰富。其次,单倍型分布和网络图结构表明:所有单倍型聚为两大支,一支与普通牛聚在一起为进化枝Ⅰ(CladeⅠ),另一支与瘤牛聚在一起为进化枝Ⅱ(CladeⅡ),说明云南家牛地方品种同时拥有瘤牛和普通牛的遗传成分;其中迪庆牛以普通牛单倍型为主且遗传变异最低,云南高峰牛只含有瘤牛单倍型。再次,普通牛有4个核心单倍型H1、H7、H19、H25,而瘤牛有2个核心单倍型H43、H73,加之Tajima’s D检验、FuandLi’sD检验与Fuand Li’s F检验结果提示,云南家牛地方品种经历过群体扩张事件。然后,分布格局分析表明云南家牛地方品种自滇西到滇东北其遗传多样性指数呈现递增的规律,并且瘤牛成分从南到北总体呈现梯度下降趋势。最后,系统发育地理分析显示,6个云南家牛地方品种之间没有显著的系统发育地理结构,可能归因于历史上伴随人类活动引起的频繁基因交流。综上,云南家牛地方品种的遗传多样性非常丰富,为瘤牛和普通牛的混合起源,瘤牛成分从南到北总体呈现梯度下降趋势,各地方品种间未呈现明显的系统发育地理结构。本研究初步搞清了云南家牛地方品种的遗传多样性及其分布格局,将为云南家牛地方品种资源的保护及可持续利用提供科学依据。