本研究利用14个SNP作为遗传标记,通过PCR-SSCP和PCR-RFLP实验技术基因分型,基于基因频率利用软件分析,从分子水平研究乌骨山羊群体遗传结构及乌骨山羊与酉州乌羊,麻城黑山羊、南江黄羊和波尔山羊之间的亲缘关系,旨在为乌骨山羊选育工作提供参考。研究结果如下：1.14个SNP位点在乌骨山羊群体中观察杂合度(Ho)平均为0.3463；期望杂合度(He)平均为0.3449；有效等位基因数(Ne)平均为1.5830；群体多态信息含量(PIC平均为0.2754；Shannon指数平均为0.5125。2.在研究群体中相同的14个SNP标记,乌骨山羊的平均有效等位基因、杂合度,多态信息含量和Shannon指数(1.5830、0.3463、0.2754、0.5125)均比与酉州乌羊(1.4634、0.3211、0.2305、0.4336),麻城黑山羊(1.4137、0.3027、0.2110、0.4015),南江黄羊(1.3893、0.2262、0.2085、0.3968),波尔山羊(1.4253、0.2459、0.2052、0.3903)高。3.乌骨山羊和其它四个山羊群体间的F检验结果Fst和Fit分别为0.1468和-0.0245表明14.68%的遗传变异是由不同的山羊群体间引起的,85.32%遗传变异是由各群体内引起的,2.45%的遗传变异来自远交。4.Nei标准遗传距离聚类分析,乌骨山羊和波尔山羊之间遗传距离最远(Ds=0.1942),两者的遗传一致性系数最小(I=0.8235)；乌骨山羊和麻城黑山羊遗传距离最近(Ds=0.0720),对应的遗传一致度系数最大(I=0.9305)；此外,乌骨山羊等四个地方品种聚为一类,波尔山羊单独聚为一类。5.本研究通过逐渐突变模型下的群体期望杂合度和基因每个世代的平均突变率估算乌骨山羊群体的规模大约为1.6万头,有效群体含量约900头,从数量上看乌骨山羊处于安全状态。实际中,这些群体被分散在广大地区,有时候会发生乱交乱配而产生近交衰退。所以,开展遗传资源保护工作非常必要。根据乌骨山羊群体的近交系数,设定保种60年群体近交系数不超过12%,则计算所需要的群体有效含量约为75。