异构数据的集成一直都是网络数据通信、信息共享的热点研究问题。数据的异构可分为四个层次:结构异构、语法异构、系统异构和语义异构。如何有效屏蔽或消除数据源不同层次上的异构性，是数据集成的重中之重。 传统的异构数据集成方法如联邦数据库、数据仓库等。它们主要是从结构上消除数据的异构性，因此适应数据源相对稳定、数据模式比较单一的应用。但是，不同的数据库设计者、管理者在创建数据模式时，对概念的理解和表述往往存在差异，因此造成了语义异构、同时检索精确度下降的问题。而上述的传统方法都没有办法“理解”数据视图中各个概念的含义，更不要谈提高查询精确度的问题了。 本体是共享概念模型的明确的形式化规范说明，它使计算机可以“理解”信息的含义，从而增强了系统的自动化、智能性和灵活度。目前本体的应用多集中于WEB方向，致在对信息内容提供显式的概念定义。如果将本体理论引入异构数据系统，那么它在异构数据系统的作用如何?系统的框架与具体模块是怎样的?基于本体的异构数据系统与传统系统在实验测试中的优劣如何?因此本文提出，将本体论引入异构数据系统，以克服传统的弊端。建立基于领域知识的概念模型，为集成系统提供统一的全局视图，通过数据匹配机制达到实例化，也保持了各局部数据库的自治性。另外，引入本体描述机制对专业知识体系进行明确的定义，为查询条件增加了语义内容，实现具有智能性的词义匹配查询，提高查全率与查准率。 在此基础上，本文提出并初步实现了基于本体的异构数据集成与查询系统框架，并对各个模块的设计进行了详细阐述。通过实验测试，对得到的结果进行了分析，描述了本方案与传统方法相比具有的优势，在系统功能和效率上提出了自己的评价。最后对所作的工作进行了总结，指出了系统的不足和局限，并指出了今后研究的前景与解决方法。