大麦β-葡聚糖、微量元素含量的全基因组关联分析及纤维素合成酶类基因家族的鉴定

来源 :西北农林科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:mfdbuxing
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
大麦是全世界最重要的粮食作物之一,其种植面积和总产量均位居全球第四位,具有重要的食用、饲用和酿造价值,也是理想的健康食品之一。近年来,研究发现大麦籽粒富含β-葡聚糖以及铁、锌、硒等多种微量元素,且因其具有的“三高二低”即大麦籽粒含有丰富的蛋白质、纤维素、维生素,且其脂肪、糖含量较低的特点,使得其逐渐成为一种健康的粗粮而越来越受到广大人民的重视。因此,阐述大麦β-葡聚糖及微量元素的遗传基础,挖掘影响其含量的相关基因,对于利用分子育种提升大麦的营养价值,培育品质优良的大麦品种具有重要意义。本研究选用28份栽培大麦,8份大麦农家种,29份野生大麦以及41份青稞为材料,分别测定了2018及2019年这106份大麦材料的β-葡聚糖及铁、锌、硒三种微量元素含量,并对这些性状进行了比较分析,利用全基因组关联分析的方法,筛选了与这四种营养物质含量显著关联的SNPs位点及候选基因,并对与大麦β-葡聚糖合成相关的基因家族进行了鉴定。主要结果如下:(1)通过对两年间收获的大麦籽粒β-葡聚糖及铁、锌、硒三种微量元素含量的分析及比较,发现大麦的4个群体内各性状变异系数均低于10%,遗传多样性指数在1.24~2.02之间。大麦群体间除硒元素含量外均差异极显著,且这三种营养物质含量在野生大麦中最高。野生大麦的营养物质含量较其他群体高以及其较高的遗传变异,说明其具有被用来作为大麦遗传改良的潜力。(2)基于重测序数据,共检测到SNP位点15,167,288个。关联分析鉴定出与β-葡聚糖及微量元素含量显著相关的位点72个,并筛选到两个与β-葡聚糖相关的基因,这些信息的获得为后续研究提供了资源。(3)采用生物信息学分析的方法,利用大麦最新的参考基因组及其注释信息(IBSC_V2),在全基因组水平对大麦β-葡聚糖合成的相关基因家族(Ces A和Csl)进行了系统的鉴定。在大麦基因组中共鉴定到了7个纤维素合酶基因(Ces A)和24个类纤维素合酶基因(Csl),提供了目前最全的大麦β-葡聚糖生物合成基因数据集。系统进化关系发现Hv Csl家族又可以进一步划分为6个亚群,而且各亚群内具有更保守的基因结构和保守蛋白结构域;在此基础上,利用RNA-seq数据对这些基因的表达模式进行了分析,发现了多个组织特异性表达以及逆境响应相关的候选基因;最后,基于同源基因的互作网络,构建了Hv Ces A和Hv Csl基因的调控网络。这为进一步鉴定大麦β-葡聚糖合成的相关基因家族的生物学功能奠定了基础。综上,本研究以不同类型、不同来源的具有代表性的大麦种质为材料,对其β-葡聚糖和铁、锌、硒微量元素含量进行了系统测定和评价,筛选获得了部分优异种质,为大麦营养强化育种提供了资源;在此基础上,利用全基因组关联分析对大麦β-葡聚糖和微量元素含量相关位点及染色体区域进行初步定位;最后利用生物信息学分析的方法,还对大麦β-葡聚糖生物合成相关基因家族进行了系统的鉴定和分析。本研究结果不仅为揭示大麦营养品质形成的分子机制奠定了基础,也为大麦营养强化、遗传改良与分子育种提供了重要的工具。
其他文献
目的:建立雾霾环境下流感病毒(IV)感染的BALB/c小鼠模型;从组织学、分子生物学等水平研究甘露消毒丹(GXM)对雾霾环境下IV感染小鼠TLR3/TRIF信号通路的调控机制,探讨其抗IV感
玉米是世界上产量最高的谷类作物。随着世界人口数量的快速增加,粮食供应也应该相应增加,以满足人类生存需求。要想满足日益增长的人类食用、动物饲养和工业用途(如生物燃料)
结核病是由结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb)引起的一种人兽共患的慢性传染性疾病。结核分枝杆菌主要侵犯人体肺脏,呼吸道传染是本病的主要传染方式。目前为止,临
本文研究区域选定晋陕蒙宁地区,即山西、陕西、内蒙古、宁夏四个省份,通过描述区域整体、省级尺度及地市尺度的医疗资源和居民健康的时空分布,来分析二者的时空关系,是对区域
调味品为人们饮食带来营养与多种风味,是饮食中的重要组成部分,但也会影响人体健康,其与癌症之间关系非常紧密。目前,通过分析调味品对人体细胞的抑制作用引起患癌风险的研究
目的 探讨血清骨桥蛋白(Osteopontin,OPN)在2型糖尿病(Type 2 diabetes mellitus,T2DM)中的变化及与 Toll 样受体 4(Toll-like receptor 4,TLR4)等炎症指标的关系。方法 选取
目的:探讨胃十二指肠三角吻合术应用于胃癌全腹腔镜下远端胃切除术的可行性。方法:2013年7月-2016年3月间对66例胃癌病人应用直线型吻合器进行胃十二指肠三角吻合,完成全腹腔
目的:观察经皮穴位电刺激预处理在冠心病择期PCI(经皮冠状动脉介入治疗)应用的潜在优势,评判其临床疗效和安全性,为经皮穴位电刺激疗法的应用和推广提供一定的依据。方法:按
脑部肿瘤(如脑胶质瘤、中枢神经系统淋巴瘤等)治疗难度大,死亡率高,严重威胁国民健康。脑部存在血脑屏障(BBB)这一天然障碍,大大影响了药物递送至脑部的效率,降低了化疗的疗
【目的】研究正常细胞受电离辐射后分泌出外泌体(exosomes)中miR-1246等miRNA分子的表达变化及其进入未受照细胞中造成的基因组损伤效应和作用机制。【材料和方法】取对数期生