陆地棉Gossypium hirsutum L.)是世界上重要的纤维作物,随着我国加入世贸组织,以及纺织技术的改进,对棉花纤维品质的要求也随之提高。棉花产量、纤维品质性状属多基因控制的数量性状,传统的育种方法在实现产量与纤维品质同步改良上难度很大。生物技术与常规育种的有效结合,为作物性状改良提供新的途径。通过转基因或分子标记辅助选择技术,可在分子水平上对目标性状进行操作,实现目标性状的改良。分子标记辅助选择可以减少育种过程中选择的盲目性,加快外源优良种质向栽培品种的渗透,从而提高育种效率。就同一性状而言,已有研究表明棉花不同品种QTL等位基因存在较大差异。因此,未来棉花分子标记辅助选择需要对大量育种材料的数量性状基因座(quantitative trait locus, QTL)进行定位,并聚合大量目标性状QTL。陆地棉QTL定位的群体主要有F2和重组近交系(recombinant inbred line, RIL)群体,这两种群体各有优缺点,如：F2群体建立所需时间短、但不能长久使用,难以进行多年、多点试验,且不能在多环境进行QTL定位；RIL群体能在多环境进行QTL定位,且能长久使用,但群体建立所需时间长。目前有关F2、RIL所构图谱的比较研究较少。本研究利用陆地丰产品种中棉所35与陆地棉优质品种渝棉1号建立F2、RIL群体,比较F2、RIL图谱的异同,为进一步确定F2、RIL图谱在QTL定位中的应用价值提供依据。本研究结果如下：1.F2群体和RIL群体标记基因型检测利用在亲本间具多态性的312对SSR引物,检测F2与RIL群体的标记基因型,分别获得318个标记位点,其中6对引物产生两个位点。2.偏分离标记比例对F2、RIL群体的318个标记位点进行卡方检验,F2有139个偏离孟德尔分离比例(p<0.05),偏分离比率为43.7%，其中78个表现为严重偏分离(p≤0.001),占总标记数的24.5%。RIL群体有125个表现偏分离(p<0.05),偏分离标记占总标记位点数的39.3%,其中35个严重偏分离(p<0.001),占总标记数的11.0%。F2群体偏分离标记高于RIL群体。3.F2群体和RIL群体遗传连锁图谱对F2群体和RIL群体的318标记进行遗传连锁分析,构建的F2遗传连锁图谱包括47个连锁群、287个标记,46个连锁群定位到25个染色体上,一条连锁群未定位到染色体上,图谱总长为2425.8cM,标记间平均距离为8.5cM,覆盖棉花基因组的54.5%；构建的RIL群体图谱包括268个标记、52个连锁群,其中51个连锁群定位到25条染色体上,一条连锁群未定位到染色体上。图谱总长为1759.6cM,标记间平均距离为6.6cM,覆盖棉花基因组的39.6%。4.F2群体和RIL群体遗传连锁图谱比较F2图谱标记数、基因组覆盖率、标记间平均距离均高于RIL图谱,RIL图谱连锁群数多于F2图谱。两图谱有65.1%的标记染色体分布顺序一致。F2群体图谱偏分离标记高于RIL群体。