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本研究以宁夏地方品种固原鸡(白羽、红羽、麻羽)、引进肉鸡品种AA鸡和蛋用品种罗曼鸡为研究对象，利用PCR(聚合酶链式反应)扩增技术，以GenBank家鸡mtDNA(登录号为：AB003323)全序列为基础，设计用于扩增固原鸡、AA鸡、罗曼鸡线粒体DNA控制区(D-LOOP)、细胞色素b脱复辅基酶(Cytb)、细胞色素C氧化酶亚基I(COI)、12srRNA基因序列限制性片段的特异性引物，并对PCR扩增产物进行测序。通过生物学软件对所得序列进行比对，分析品种间的遗传差异，探讨线粒体不同基因在鉴别检测鸡品种源性成分利用方面的可行性，筛选出适合鉴别检测固原鸡源性成分的可靠目的基因。研究结果表明：
1 D-LOOP基因发现14个变异位点，3个缺失/插入位点及11个转换位点，其中固原鸡与AA鸡、罗曼鸡在品种间发现6个变异位点；从鸡在490位点缺失了一个C碱基，在199位点发现一个特异性变异位点，发生了C/T的转换；罗曼鸡在860位点发现一个特异性变异位点，插入了一个C碱基。固原鸡三个类群(白羽、红羽、麻羽)内发现6个变异位点。红羽在490位点缺失了一个C碱基；白羽在167位点和1217位点发生了T/C的转换，243位点和256位点发生了C/T的转换，在15位点发现一个特异性变异位点，插入了一个A碱基。
2 COI基因在品种间发现3个变异位点，分别是在114位点和156位点发生了T/C的转换以及255位点发生了A/G转换。固原鸡三个类群(白羽、红羽、麻羽)内没有发现变异位点。
3 Cytb基因在品种间发现1个变异位点，在364位点发生了C/T的转换。固原鸡三个类群(白羽、红羽、麻羽)内没有发现变异位点。
412rRNA基因在品种间发现1个变异位点，在770位点发生了T/C的转换。固原鸡三个类群(白羽、红羽、麻羽)内没有发现变异位点。
本研究结果将为鉴别检测宁夏地方品种固原鸡源性成分提供重要的理论根据，并对固原鸡品种种质资源的合理利用和保护提供一些科学依据。