在自然界中，尤其是在哺乳动物中，种间或不同遗传群体间发生杂交的例子还是很少见的。为了研究菊头蝠中近缘物种间渐渗杂交现象，本研究选择了云南菊头蝠及皮氏菊头蝠的两个亚种，它们属于同一个族中，具有较近的亲缘关系。　　 本研究利用19个分子标记，包括两个线粒体基因，4个核基因内含子及13个微卫星位点，对144个标本进行了序列扩增和分型及相关的系统发育和种群遗传学分析。线粒体基因树产生了两大分支，分别对应于本研究中的皮氏菊头蝠和云南菊头蝠，而且它们的分歧时间大约在4百万年前。然而，来自4个独立核基因树及13个微卫星位点的数据却显示了与之相矛盾的结果，即与皮氏菊头蝠华南亚种相比，皮氏菊头蝠指名亚种与云南菊头蝠具有更近的亲缘关系。而且，这种不一致性在地理分布上是非常广泛的，对此，最有可能的一种解释是：在某一历史时期，云南菊头蝠向皮氏菊头蝠指名亚种发生了大范围的核基因渐渗事件，这可能是由混合种群中雄性蝙蝠介导的，并且可能发生在更新世的冰川时期，当时这两个类群的分布范围可能有所收缩，使它们彼此间有着比现在更多的交汇地带。物种树与基因树之间的不一致性进一步表现在皮氏菊头蝠两个亚种间，同样这也暗示了在它们分布的交汇地带可能发生过或者正在进行着基因渐渗事件。然而，它们间基因渐渗模式主要是不对称的线粒体基因渐渗，并且溯祖研究表明这次渐渗事件发生在它们刚刚从一个共同祖先分开时，属于较早的历史事件。此外，在它们现在的交汇地带还发生着近期的不对称核基因渐渗事件，主要从皮氏菊头蝠指名亚种向华南亚种渐渗。本研究强调了在研究种群遗传历史和解析类群之间关系时，利用多种来源的数据可以避免做出错误的结论。