大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）是我国特有的珍稀濒危物种。尽管野生大熊猫生存状况已得改善,然而栖息地破碎化依然威胁野生大熊猫的生存。圈养大熊猫野化放归是复壮和扩大野生大熊猫孤立小种群的重要手段。肠道菌群是大熊猫体内最复杂和种类数量最高的共生微生物生态系统,其菌群结构的组成与失调会引起腹泻等疾病。因此,为了深入理解肠道菌群在大熊猫野化培训与放归中的作用,本论文采用16S r DNA扩增子和宏基因组测序的方法对大熊猫肠道菌群进行系统的研究。研究分为三部分:1.基于生物信息学方法来揭示遗传、季节、生活环境及年龄等因素对大熊猫肠道菌群的影响。共收集53只大熊猫420份粪便样品高通量测序,结果表明遗传与季节是显著影响大熊猫肠道菌群的因素,其次为生活环境与年龄因素。其中,同一季节下,不同生活环境下大熊猫的肠道菌群差异显著,如野化培训大熊猫的优势菌为链球菌属、梭菌属和肠杆菌科,而野外大熊猫优势菌为假单胞菌属、地杆菌属和肠杆菌科。由此,野化培训大熊猫肠道菌群与野生大熊猫差异显著,而与圈养大熊猫肠道菌群更为相似。2.基于生物信息学方法来揭示野化培训期间大熊猫肠道菌群的动态变化。共采用6只野化培训大熊猫72份粪便样品高通量测序,结果表明野化培训大熊猫的肠道菌群alpha多样性随时间而变化显著。同时,相比不同季节,不同个体之间的肠道菌群beta多样性更不相似。此外,与野化培训后未放归大熊猫相比,野化培训后放归存活大熊猫的肠道菌群中含有较高丰度的潜在有益菌。由此,这些有益菌可能具有评估野化培训大熊猫适应能力的潜力。3.跟踪采集从野化培训到放归自然大熊猫（张想）52份粪便样品,结合16S r DNA扩增子和宏基因组数据联合分析,发现张想从野化培训到放归过程中,其肠道菌群多样性与组成逐渐与野外大熊猫相似。在肠道菌群功能上,大熊猫张想放归后的肠道菌群介于圈养大熊猫与野外大熊猫之间,处于一种混合的模式。此外,外源性物质代谢与降解通路相关基因富集于野外大熊猫和张想放归后的肠道菌群,特别是与苯乙烯降解通路上相关基因。由此,从野化培训到放归后的过程中,张想肠道菌群呈现适应环境的适应性变化。综上所述,通过对野化培训与放归大熊猫肠道菌群的研究,为今后圈养大熊猫野化培训与放归后监测提供理论依据,也为其肠道菌群组成与功能研究提供参考。