坚定不移的走中国特色农业现代化道路，加快发展现代农业，改善农村生产、生活水平，逐步增强县域经济的发展活力是“十二五”规划中的一大纲要。然而，随着西部大开发逐步深入，西部城乡之间的格局发生着重大变化，不同县域现代农业发展的差异在逐步扩大。因此，急需寻找出缩小现代农业发展差距、使各县农民走向共同富裕道路的对策。基于这样的背景和认识，本文以新疆现代农业为研究对象，以天山北坡13个县（市）为研究单元，将定性分析和定量分析相结合，以地理信息系统软件Arcgis为辅助，建立了评价研究区现代农业的综合评价指标体系，采用因子分析法对2000—2010年天山北坡各县发展水平进行了评价；同时，从时间和空间两个方向分别以单一指标和多指标的角度对这13个县（市）的现代农业县域差异及空间演变格局进行了剖析；最后，建立了评价县域现代农业经济差异的警戒模型，并确立了研究区县域现代农业之间的警戒水平，以此来为研究区各县现代农业发展提供相关的建议。具体结论如下：（1）影响2000年—2010年天山北坡13个县（市）现代农业发展水平的因子有投入产出因子、增长率因子和生活现代化因子，其中起决定作用的为投入产出因子。（2）从单一指标测度来说，时间上，近十年各县现代农业的绝对差异在逐步扩大，相对差异变化较平稳，呈缓慢下降趋势；空间上，8个县（市）之间的绝对差异较大。研究区12个县（市）之间的相对差异在变小。有8个县（市）人均农业总产值的增长速度大于研究区的平均增长速度。（3）从多指标测度来说，时间上，增长率因子的重要性程度下降，生活现代化因子的重要性上升，说明随着经济的发展和农民收入的提高，农民对生活质量的要求越来越高。空间上，大体呈现圈层结构，核心圈层现代农业发展水平高，呈现“凸”字形分布格局，且随着各县的发展和中心的辐射带动作用，各县现代化农业的发展水平越来越向沙湾县和玛纳斯县靠拢。（4）采用聚类分析法将这13个县（市）分为发达、较发达、欠发达和不发达四类。2000年这四类的县域个数分别为4、3、4、2。到了2010年，县域个数变为5、4、3、1。其中，奇台县和乌苏市的排名随着农业经济的发展上升了位次，四类区域所包含的县（市）也随之发生了改变。（5）确立了研究区各县现代农业发展差异的警戒水平，为3.4865万元/人，即当极差值达到3.4865时，各县现代农业总产值的增长速度与极差达到平衡，此时的年均增长速度为17.54%。自2009年开始，各县现代农业差异已超过警戒值。