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本研究以福建省浙江红花油茶为材料，分析其表型、叶片营养元素及果实含油率的变化规律，利用ISSR分子标记对浙江红花油茶进行了遗传多样性分析，为保护和利用浙江红花油茶资源提供了重要依据。主要的研究结果如下：（1）对福建省浙江红花油茶的自然种群进行全面调查，在福建省4市8县设立13个样品采集点。（2）对13个居群198份参试材料的叶片表型性状和大量元素含量进行测定和分析，在居群内各个性状的变异系数在0.435%-55.16%之间，最小是古田居群的全氮含量，最大是将乐居群的叶柄长；而居群间各指标的变异系数在4.916%-54.712%之间，其中叶形指数变异系数最小为4.916%。在同样或相似的环境条件下，叶片中的N、P、K等大量元素含量差异不大，而在居群间的N、P、K的差异却是最大的，表明叶片中N、P、K的含量的大小很容易受到局地小环境的影响。对福建省5个居群125份浙江红花油茶的果实性状在居群内和居群间分别进行统计分析和方差分析表明：9个果实性状在居群内和居群间也都大部分达到了极显著水平，其变异系数在居群内部的变幅在0.406%-116.33%之间，居群间的变幅在11.237%-45.317%之间，在9个果实的性状中鲜果重和鲜籽粒重的变异系数最大，最小的是果形指数。浙江红花油茶每个树体、种群的内部都存在着较大的差异，但是这些差异是在一定的范围以内，各项指标的偏倚系数不大，说明了浙江红花油茶在种的水平上的稳定性。相关性分析表明：浙江红花油茶叶片和果实的18个性状与53个立地环境因子中极端低温、年辐射、光照时数、土壤肥力、土壤含水量成正显著相关，与经纬度、土壤密度、土壤PH和土壤P含量等成负显著相关。主成分分析可以将浙江红花油茶叶片和果实的18个性状分为3个主成分，其中果实性状的鲜果重、果实横径、鲜籽粒重、籽粒数和叶片性状中的叶柄长、叶长、全钾含量、单叶重、全磷和全氮是浙江红花油茶的主要成分，其累积贡献率达到了95%。表型聚类表明浙江红花油茶具有明显的地域性,环境的相似性形成了浙江红花油茶各居群表型性状的相似，各种环境因子才可能是浙江红花油茶表型性状多样性的主要原因。（3）采用改进的CTAB法提取了高质量的基因组DNA，通过单因素和正交试验优化了浙江红花油茶的ISSR体系，建立了浙江红花油茶的ISSR－PCR反应体系和扩增程序。优化后的反应体系为：反应体积20μl，Mg2+（10mmol/L）1.00mmol/L，dNTP浓度1.5mmol/L、Taq酶浓度0.6U、Primer浓度0.8mmol/L、DNA模板的量40ng，用灭菌的双蒸水补齐。优化的扩增体系为：94℃预变性5min，然后进入40个循环，94℃变性45s，52～56℃（因引物而异）退火50s，72℃延伸90s，循环完毕后于72℃延伸8min，最后于4℃保存。对ISSR引物进行初筛、复筛，终选出17条扩增条带清晰，稳定性好，多态性较高的ISSR引物，为分析浙江红花油茶遗传多样性奠定基础。17个ISSR引物对13个居群浙江红花油茶DNA总共扩增出167个位点，多态位点百分率为85.03%；Nei’s基因多样性H*为0.4101、Shannon’s信息指数I*为0.5850，各种遗传多样性指数均显示13个浙江红花油茶居群间具有较高的遗传多样性水平，遗传多样性丰富。在物种水平上Nei总遗传多样性Ht为0.4482，居群内个体间遗传多样性Hs为0.2136，居群间的遗传分化系数Gst为0.5234，基因流Nm为0.4552，小于1，说明浙江红花油茶居群间出现基因流动较少，基因分化的水平较高。13个浙江红花油茶地理居群间的遗传一致度在0.74510.9402之间，遗传距离在0.14590.5094之间，浦城岱后和寿宁大安的遗传一致度最小（0.7451），遗传距离最大（0.5094），说明这两个种源遗传分化大，亲缘关系最远；浦城枫溪和浦城岱后的遗传一致度最大（0.9402），遗传距离最小（0.1459），说明这两个种源遗传分化小，亲缘关系最近。为了解环境因子对浙江红花油茶的影响程度，首次对浙江红花油茶的遗传多样性与环境因子的关系进行研究，结果发现，浙江红花油茶的遗传多样性水平与纬度、海拔、坡度呈显著正相关，与年总辐射、土壤密度、土壤pH、土壤有机质等呈正相关，但不显著；与土壤全氮、水解氮、全磷、有效磷、全钾、速效钾含量呈负相关，其中与土壤10-20cm全氮、水解氮，20-40cm水解氮负相关显著。说明地理环境引起了浙江红花油茶的遗传变异，但是并没有起明显主导作用的环境因子，是所有因子综合作用的结果。