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鸡传染性支气管炎（Infectious Bronchitis，IB）是由鸡传染性支气管炎病毒引起的鸡的一种急性、高度接触性传染病，以呼吸道症状、产蛋下降、肾脏病变等为特征，是危害中国养禽业的重要传染病之一。传染性支气管炎病毒的特点是变异频繁、血清型复杂、所致疾病的临床表现差异很大在鸡群中甚至免疫鸡群中流行。本研究对1993～2010年从我国不同地方分离到的63株传染性支气管炎病毒野毒株进行了生物学特性鉴定，利用RT-PCR技术扩增了各IBV分离株的3种主要结构基因(S1、M、N)并进行了克隆、序列测定，利用生物信息学软件对GenBank中公布的部分国内外IBV毒株和所测定的63株IBV的3种主要结构基因进行序列分析和系统进化分析，研究我国IBV的分子流行病学特点和分子遗传变异规律。内容包括：
1.通过鸡胚干扰试验、鸡胚矮小化试验和IBV病毒基因组3＇末端UTR保守区段的RT-PCR等方法，成功地鉴定了本实验室在1993～2010年分离、保存的63株IBV分离株，结果证实63株病毒都是IBV。
2.参照GenBank中已发表的IBV S1基因序列及8株IBV毒株(Beaudette、Mass41、Ca199、BJ、KQ6、GD/S14/2003、SAIBK、LX4)的全基因组序列，设计了1对S1基因特异引物，采用RT-PCR方法分别成功地扩增出了63株IBV分离株S1全基因，并通过克隆、序列测定获得了63株IBV分离株的S1全基因核苷酸序列。63株分离株S1蛋白的全基因核苷酸序列长度1608～1635bp，分别编码536～545aa;对S1氨基酸序列进行分析显示在S1蛋白存在3个高变区(HVR)，分别位于第3～25aa、第52～154aa、第266～294aa的氨基酸残基区段；对S蛋白的裂解位点进行分析表明共有7种不同的裂解位点，裂解位点和基因型并无直接联系，也不能决定致病变型；63株IBV分离株S1基因系统进化分析可分为两大群、8个不同的基因型：Mass型、美国型、LX4型、LHLJ/95Ⅰ型、LDT3/03型、J型、BJ型和LDL/97Ⅰ型；LX4型是在中国鸡群中传播的第1主要流行毒株，和Mass型疫苗株S1基因氨基酸相似性不超过78.3％（平均氨基酸相似性为77.6%）；中国Mass型IBV仍呈现地方性流行，是在中国鸡群中传播的第4主要流行毒株；将63株IBV中国分离株和210株IBV中国参考株与4/91株进行分析比对，结果显示所分析的毒株中没有中国IBV属于4/91型。
3.参照GenBank中已发表的IBV M基因序列及8株IBV毒株(Beaudette、Mass41、Ca199、BJ、KQ6、GD/S14/2003、SAIBK、LX4)的全基因组序列，本研究设计了1对M基因特异引物，采用RT-PCR方法分别成功地扩增出了63株IBV分离株M全基因，并通过克隆、序列测定获得了63株IBV分离株的M全基因核苷酸序列。63株IBV分离株M基因氨基酸序列长度分别含有222、223、224、225、226和230个氨基酸残基，有18个变异率较高的位点，其中有2个高频插入或缺失的位置，分别位于2～5aa，14～16aa;63株IBV分离株M基因的N端含有约60nt的前导序列和1～2个N-糖基化位点，其中10株有1个潜在糖基化位点NCT或NET，另外53株均含有2个潜在糖基化位点，均含2个“N-X-T”基序的N-糖基化序列，其中1个糖基化位点“Asn-Cys-Thr”(NCT)的氨基酸序列是高度保守的；系统进化分析表明63株IBV分离株和101株国内外参考株可划分为两大群，细分为10个不同的基因型，本研究的63株IBV分离株来自其中的9个不同的基因型，2005～2010年IBV中国流行株大部分与Mass型疫苗株处于不同的基因型，而且氨基酸序列相似性都小于94%。
4.利用所设计的2对特异引物，采用RT-PCR方法成功地扩增出了63株IBV分离株N基因目的片段，并通过克隆、测序获得了63株IBV分离株的N基因的全长核苷酸序列。63株IBV分离株N基因的全长核苷酸序列全长为1230bp，编码409个氨基酸残基，它是3种结构基因中最为保守的，N基因有5个较为保守的区域，分别位于：17aa-45aa，49aa-63aa，65aa-211aa，238aa-333aa，352aa-409aa;本研究的63株IBV分离株与128株参考株系统进化分析可划分为2大群，第一大群86株，包含10个疫苗株、7个国际上其他血清型的部分代表参考株、43株中国大陆分离的主要流行毒株和本实验室的26株IBV分离株，第一大群IBV中国毒株与Mass型疫苗株的氨基酸相似性均大于94.4%；第二大群有105株，包含本实验室的37株IBV分离株和68株中国大陆分离的主要流行毒株，与Mass型疫苗株的氨基酸相似性均小于93.6%。研究表明2005～2010年IBV中国流行毒株大部分处于Mass型、LX4型、J型和LSHH03I。同一毒株在3种进化树中的遗传位置并不完全吻合，有的毒株甚至差异较大，这提示存在基因重组现象。