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粗山羊草(Aegilops taushii,2n=2x=14,DD)是六倍体小麦D染色体组供体,为小麦提供了珍贵的抗病、抗逆相关的遗传资源,这些基因增强了植物的适应性,在作物种质创制中具有重要的作用。随着粗山羊草遗传学以及基因组学研究的发展,粗山羊草被认为是研究小麦基因功能以及分子进化研究的重要的植物。茉莉酸(Jasmonic acid,JA)是由脂质衍生的重要的植物激素,JA及其生物活性的衍生物(Jasmonic acid derivatives,Jas)在介导植物抵抗植食性昆虫、抗死体营养性细菌、抵抗各种生物胁迫中具有重要作用,也在营养生殖、细胞周期调节、以及衰老等发育调控过程中扮演重要作用。为了解析粗山羊草中抗逆基因的表达谱,我们利用14天的粗山羊草幼苗,使用5 mM茉莉酸溶液处理1 h和6 h后取地上部分对其进行转录组测序、生物信息学分析、构建了基因表达谱,并对茉莉酸信号路径的标志基因JAZ进行基因家族分析,主要结果如下:一、经过有参转录组分析,共发现了22112个转录单元,其中10983是未注释基因。对组装的转录单元进行差异表达分析,有3078个差异表达,其中有约50%未注释。为了推断基因的功能,我们利用多种方法对未注释的转录单元进行功能注释。将注释的差异基因进行GO富集分析,主要富集到响应外界刺激、响应茉莉酸刺激、氧化还原反应等方面中。将茉莉酸诱导的基因聚类分析主要分为四类,分别为瞬时诱导表达基因(Transiently induced genes,TIG)、瞬时抑制表达基因(Transiently repressed genes,TRG)、持续诱导表达基因(Sustainedly induced genes,SIG)和持续抑制表达的基因(Sustainedly repressed genes,SRG)四类。根据以上信息构建茉莉酸诱导的基因表达谱。二、JAZ(Jasmonate ZIM-domain)基因是茉莉酸信号路径中重要基因,我们利用同源检索的方法鉴定了粗山羊草中9个JAZ基因,与拟南芥、水稻、短柄草中已经鉴定的JAZ基因进行系统发育分析,并进行组织差异表达分析,发现AetJAZ5和AetJAZ8单独聚为一小类,AetJAZ6和AetJAZ7单独聚为一小类,这两小类又聚到一类,在短柄草、水稻中有同源基因,在拟南芥中没有同源基因。经过组织特异性表达分析,发现AetJAZ6和AetJAZ7在我们研究的各个组织都未表达。提出两种可能:(1)AetJAZ6和AetJAZ7为AetJAZ8基因在复制后的基因,可能发生了假基因化;(2)茉莉酸信号路径中的JAZ基因表达存在组织特异性以及时空特异性规律。