我国国有独资公司治理是国企改革的难点,关键问题是治理组织权力配置不科学,以至于影响了公司的效率,增加了风险。本文运用公司治理理论和组织理论,从组织角度分析了影响公司治理组织效率和风险的集权分权等因素,理顺了治理组织的权责。提出了我国国有独资公司治理的一元、二元和三元模式,运用组织决策权配置的效率模型分析了各种模式的效率。运用博弈模型研究了治理组织之间决策行为的均衡关系,并借助DEA超效率模型进行了实证分析。结果表明,在内部董事任董事长的条件下,我国国有独资公司治理中,二元模式好于一元和三元模式,其中,董事长兼党委书记、总经理专人担任的二元模式相对较优；在外部董事任董事长的条件下,董事长、党委书记、总经理三职分任的三元模式相对较优。对我国国有企业建立现代企业制度,提高公司治理水平,具有一定的指导意义。