基于高通量转录组测序技术开展急性胰腺炎与复发性急性胰腺炎全转录组表达谱差异的研究

来源 :西南医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wangchong123
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目的:为探究急性胰腺炎与复发性急性胰腺炎潜在的miRNA和lncRNA相关分子发病机制,构建miRNA与lncRNA相互作用网络,为在基因层面探索治疗胰腺疾病的方法和新型药物的研发做出贡献。方法:本项目拟通过高通量转录组测序(RNA-Seq)技术对健康人群对照组血液样本(5例)、急性胰腺炎(AP)患者(5例)和复发性急性胰腺炎(ARP)患者血液样本(5例)中的miRNA和lncRNA进行比较研究。结果:与对照组相比,AP组共获得差异mRNA 2780个,存在1807个表达上调的基因,973个表达下调的基因;存在1065个差异lncRNA,其中包含592个lncRNA表现为表达上调,473个表现为表达下调;存在37个表达差异的miRNA,其中17个表现为表达上调,20个出现表达下调。ARP组共获得差异mRNA 1195个,其中表达上调基因919个,276个基因表达下调;发现409个差异lncRNA,其中307个lncRNA表现为表达上调,102个表现出表达下调;13个存在差异的miRNA,包含11个表达上调的miRNA,及2个表达下调的miRNA。两组中共有的差异mRNA 909个,差异lncRNA 315个,差异miRNA有12个,且各差异基因在两组中的表达趋势一致。lncRNA-mRNA共表达的差异基因参与嗜中性粒细胞脱颗粒(neutrophil degranulation)、适应性免疫反应(adaptive immune response)等免疫相关的生物过程,此外,还在如下这些通路富集:如代谢途径(Metabolic pathways)、(细胞因子受体相互作用)Cytokine-cytokine receptor interaction等。针对ARP特有基因行差异表达分析,挖掘出286个mRNA,94个lncRNA,1个miRNA(hsa-miR-342-5p)表现出表达下调。经lncRNA-mRNA共表达分析,揭示差异基因的生物过程由蛋氨酸代谢过程(methionine metabolic process)参与,且富集在如下通路:氧化磷酸化(Oxidative phosphorylation)、代谢途径(Metabolic pathways)等。结论:共有的ceRNA网络中,lncRNA LUCAT1/NEAT1-miR-16-2-3p-AATK/ENTPD1/CREB5调控网络可能参与胰腺炎的发病机制。而针对miR-342-5p进行ceRNA网络分析提示,lncRNA DGCR9/ASAP1-IT2-miR-342-5p-ABCC5/MAP2K6K网络可能参与ARP疾病的发病机制。
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