政府部门的大部制改革是当前我国行政体制改革的热点话题，近几年从中央到地方，大部制改革后，政府部门数目得到了削减，但是，从现实情况看，经过大部制改革后的政府部门，效能并非都如改革预期般得到了提高，大部制的政府部门依然存在着一些被媒体、民众批评的不足之处。　　作为深圳市政府的一个直属部门，深圳市交通主管部门在1984年就率先在全国开始了大交通管理体制的改革，经过历次改革，深圳市交通主管部门走出了一条从小到大、从单一到综合的大交通改革发展路子，形成了陆海空铁邮协同发展的大交通管理格局。深圳市交通管理主体也经历了交通指挥部、交通办公室、交通局、运输局、交通局、交通运输委员会的机构沿革过程，2009年8月，深圳市交通运输委员会（下文简称“深圳市交委”）在全市政府机构大部制改革中诞生，增加了统一负责全市市政道路（公路）的规划、设计、建设、管养、执法及交通运输管理等工作职责，深圳市大交通管理内容更为丰富，这也对大交通管理主体提出了新的挑战。深圳市大交通管理主体——深圳市交委的成立，是全国大部制改革的产物，本文以其为缩影，以组织系统理论为基础，引入奎因的组织效能模型，将深圳市交委视为一个开放的系统，从组织内部的结构设计、职能设置、人员激励，以及组织对外提供公共服务等方面对深圳交委的目前工作中存在问题的根源进行分析、探究，同时学习借鉴美国纽约运输局的一些先进管理经验，提出打造新型、高效的大交通管理主体的建设途径。　　本文通过对深圳市交委的个案分析，从组织系统理论的的视角出发来解读我国政府大部制改革中的部门组织设计，通过借鉴发达国家先进城市在推行大部制管理方式中政府机构自身建设方面的成功经验，研究其管理策略，试图对大部制改革后政府部门的建设提出相关建议。