都支杜鹃作为杜鹃属的一种,主要分布在我国的安徽与湖北的交界处,其生长环境相对特殊,这也导致了目前我国自然生长的都支杜鹃的居群面积较小,不利于都支杜鹃的发展,对此应当加强对都支杜鹃的研究和培育,这样才能有效的开发并保护都支杜鹃。目前对频临灭绝的物种的研究方面很多,最主要的就是对其遗传多样性的研究和分析,这不仅能够了解濒危物种的遗传情况,同时还能够提出科学的保护建议。本研究选用了 illuminaHiseq测序平台的双端测序模式进行都支杜鹃cDNA均一化处理的高通量测序,通过软件进行大规模转录组简单重复序列的标记的发掘,同时对其组成、分布及特征进行分析。通过研究,我们一共筛选出了 24个微卫星位点,包含291个等位基因,各个位点的等位基因数(Na)的取值为3～21,所得到的多态性信息含量PIC计算结果为(mean ± SD)0.677 ± 0.212,其期望杂合度(HE)的最终计算结果为0.705 ±0.206,而观测杂合度(Ho)的最终计算结果为0.704± 0.273,以上数据可以说明所筛选的位点具有较高的多态性,作为研究的分子遗传标记是可靠的。而24个位点中有9个明显偏离哈温平衡,其他未发现偏离现象。本研究使用以上筛选的24个位点对采集自5个地理居群的都支杜鹃进行群体遗传学分析。主要从三个方面来分析都支杜鹃的遗传特性,即其遗传的多样性、结构性以及群体动态,最终得出如下结论:1)都支杜鹃大别山区的5个自然居群的研究结果为:期望杂合度取值范围0.589～0.700、观测杂合度取值范围0.649～0.759,由此可以得出都支杜鹃居群的遗传多样性较高。2)对于都支杜鹃的5个群体我们分别做了遗传距离分析、聚类分析,结果显示:居群之间具有较大的遗传差异。3)通过Msvar居群动态分析发现:各居群保持了一个相对比较稳定状态,未经历居群的波动。