十八大以来，医疗改革更成为国家重点关注的热点和难点民生问题，公立医院的补偿机制改革更是医改成功与否的关键。建国以来，公立医院的补偿渠道主要包括财政补助、医疗服务和药品收入三个部分。进入21世纪以来，我国政府对医疗卫生的投入缩减，公立医院为了维持运行发展，依靠药品收入来弥补不足，逐渐加重趋利倾向，公益性减弱，老百姓看病难、看病贵问题日益彰显。　　如何从医院运营入手，探讨新型医疗改革，成为学术界亟需探讨的问题。　　本文运用公共管理学、卫生经济学、公共政策学等相关理论，用文献研究、实例调查、历史和比较分析等方法，在定性和定量基础上，运用市场失灵和政府失灵等理论，探寻医疗改革公平与效率的最佳契合点，剖析我国公立医院补偿机制存在的问题，并从多角度提出对公立医院补偿机制改革政策的举措和建议，包括保证财政投入，加快医疗收费体制改革，建立医疗服务信息化平台等，对各方利益关系进行梳理，探讨对政府医院、医患双方都有利的补偿机制，希望这些建议和举措对保障广大人民群众的身体健康，对正在进行的医药卫生体制改革起到积极的作用。