恒河猴宿主限制性因子SAMHD1、APOBEC3G不同等位基因与SIV/HIV-2病毒载量相关性分析

来源 :华南理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xinduolian1986
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宿主限制性因子是灵长类动物基因中决定疾病易感性和发病速度的重要因素,是在天然免疫、体液免疫和细胞免疫等层面上抑制病毒复制起关键性作用的因素之一。本课题组已对中国恒河猴中宿主限制性因子TRIM5α中TFP339-341ΔΔQ突变位点与HIV-2ROD病毒载量进行了相关性研究,结果显示,保护性的TFP基因型对HIV-2病毒感染有限制作用。但也存在TFP基因型的个别个体依旧呈现了较高的病毒载量,这说明了HIV-2病毒在宿主体内的复制受到了多方面因素的影响。已有不少研究表明,宿主限制性因子APOBEC3G,SAMHD1与HIV疾病发展密切相关。SAMHD1多态性与病毒载量之间的关系研究报道并不多见,中国恒河猴群体中宿主限制性天然免疫分子SAMHD1与APOBEC3G等位基因及其功能的研究在国内也还是全新的领域。本研究在TRIM5α基因型背景清楚的情况下,继续深入对该中国恒河猴群体其他两个宿主限制性因子SAMHD1与APOBEC3G进行多态性鉴定及其与HIV-2/SIV病毒载量相关性分析,研究结果如下:在SAMHD1基因共找到18种基因单倍型和四个突变位点:T168C,A528G,A1125G,T320C,其中T320C是同义突变位点,其他三个为非同义突变位点。其中,T320C与T168C位点不同基因型存在病毒抗性。T320C位点中杂合子TC基因型的SIVmac239病毒载量明显低于纯合子CC基因型(第五日,P=0.035)。同义突变位点T168C中纯合CC基因型第3(P=0.011),5(P=0.025),7(P=0.02)天HIV-2ROD病毒载量明显低于TT纯合基因型。同时对该群体恒河猴的18种单倍型与SIVmac239及HIV-2ROD病毒进行了相关性研究,并未发现单倍型与病毒载量之间的关系。在A3G基因中鉴定得到了新的转录本KU058147。新转录本外显子编码区共鉴定得到20非同义突变位点和7个同义突变位点。70LR+141D基因型在先前的研究中被认为是稀少基因型,本研究频率为5.71%。其中,F82F(T246C),E88K(G262A)和G212D(A635G)三个位点被发现与抗HIV-2ROD病毒感染相关。在同义突变位点T246C上,CC纯合基因型对比TT纯合基因第三天(P=0.034)与第五天(P=0.034)的数据中型显示更低的HIV-2ROD病毒载量。在非同义突变位点G262A上,GG纯合基因型对比AA纯合基因型在第三天(P=0.032)与第五天(P=0.032)的数据中显示更低的SIVmac239病毒载量。T246C(F82F)和G262A(E88K)强连锁相关(r2=0.65),E88K非同义突变位点中的GG基因型可能也参与了保护恒河猴抵抗来自HIV-2ROD病毒的感染。非同义突变A635G位点上,AA基因型对比GG、GA基因型显示了更低的病毒载量。总之,本研究证实宿主限制性因子SAMHD1及APOBEC3G基因多态性对SIV/HIV-2病毒载量产生影响,表明在SIV/HIV实验动物模型构建中,应对这些重要限制性因子进行基因分型,为进一步艾滋病的发病疾病机制研究提供重要线索和研究思路。
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