人类已经进入知识经济的社会,知识经济发展的根本动力在于不断创新,在于建立起国家创新体系,创造知识和应用知识的能力与效率将成为影响一个国家综合国力和国际竞争力的重要因素,因此它要求高校要成为知识创新、培养创新人才和孵化高新技术产业的重要基地,这无疑对高校的科研提出了更高的要求。高校的科研在国家经济中的地位和作用越来越重要,然而,传统的直线职能制的科研管理组织结构已经不适应时代的要求,加之学科的交叉融合趋势不断加强,必须对传统的科研管理组织结构进行变革,从而推动科研创新发展。本文研究的主题就是构建一种新的高校科研管理组织结构,以满足各种学科、跨学科组织共同发展的需要。本文在借鉴组织结构的相关理论以及国外著名高校科研组织结构创新的相关经验的基础上,针对我国直线职能制科研组织结构的弊端,提出了基于矩阵结构的高校科研管理组织结构构想。该结构兼顾高校行政管理和项目管理两个方面,以满足高校学术创新的需要。论文对矩阵制科研组织结构进行了详细的研究,分析了其优势和弊端并针对其弊端提出了相应的解决措施。文章最后对实施矩阵制高校科研组织结构提出了一些建议,首先要加强课题组的建设和管理,课题组的形式及规模可大可小,纵向可以发展为学系、学院,横向可以发展为研究所、研究中心等,并将最终扩展到整个学校；其次要建设高校研究院作为矩阵制科研管理组织结构的管理服务组织,对其进行管理、协调与服务。最后也提出了矩阵制组织结构实施的配套措施。最终通过矩阵制科研组织结构的运作使整个高校的科研管理与学术创新显现出更加灵活高效的状态。