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目的：食管癌是世界十大肿瘤之一，以男性高发，在我国主要病理类型为食管鳞状细胞癌（以下简称食管鳞癌）。寻找食管鳞癌早期及预后标志物，将有助于食管鳞癌的早期诊断和食管鳞癌的辅助治疗。方法：本研究收集了食管癌组织442例标本，癌前病变组织150例标本。应用组织芯片联合免疫组织化学技术，对20个蛋白的表达情况进行检测，分析其与临床病理指标之间的相关性。结果：对所测20个候选蛋白的分析发现，与正常组织相比，肿瘤组织中AHNAK2、TNS4、N-cadherin、TP53及MRE11显示较高频率的异常表达。其中AHNAK2蛋白免疫染色显示在鳞癌组织中不表达、弱表达、中度表达及强表达的比例各为24.8%、28.7%、17.0%和29.5%；AHNAK2蛋白与食管鳞癌的预后相关，该蛋白表达阴性患者术后生存时间短于表达阳性的患者（P﹤0.05），与肿瘤的分化程度相关，即肿瘤的分化程度越高，AHNAK2蛋白的阳性表达率越高（P﹤0.01），与其它临床病理指标之间未见统计学相关性。TNS4蛋白在食管鳞癌组织中不表达、弱表达、中度表达及强表达的比例分别为37.0%、25.3%、16.6%和21.1%；TNS4蛋白和食管鳞癌组织的分化程度相关，在分化程度越高的食管鳞癌组织中，阳性表达率越高（P﹤0.01），而且该蛋白的表达与T分期（P﹤0.01）和TNM分期（P﹤0.05）之间具有显著相关性。N-cadherin蛋白在鳞癌组织中不表达、弱表达、中度表达及强表达的比例分别为7.5%、10.0%、42.5%和40.0%；N-cadherin蛋白也与肿瘤的分化程度相关(P﹤0.05），高分化的肿瘤较低分化的肿瘤阳性表达率低。TP53蛋白在正常组织中不表达、弱表达、中度表达及强表达的比例分别为77.0%、4.3%、18.8%和0.0%，在鳞癌中的比例各为64.8%、4.1%、16.4%和14.8%；TP53蛋白在正常组织中阳性率很低，特异性好，进一步在癌前病变组织中进行实验，结果TP53蛋白在正常组织、轻度不典型增生组织、中度不典型增生组织及重度不典型增生组织中的阳性率分别为4.9%、22.2%、40.0%和29.2%；研究发现TP53蛋白在正常组织和轻中度不典型增生组织中的表达有着显著差异（P﹤0.01），在正常组织和重度不典型增生组织中的表达也有统计学意义（P﹤0.05）。MRE11蛋白在正常组织中不表达、弱表达、中度表达及强表达的比例分别为95.5%、4.5%、0.0%和0.0%，在鳞癌中的比例各为50.9%、10.5%、21.1%和17.5%；MRE11蛋白在正常组织中阳性率很低，有很高的特异性，进一步在癌前病变组织中进行实验，结果MRE11蛋白在正常组织、轻度不典型增生组织、中度不典型增生组织及重度不典型增生组织中的阳性率分别为3.1%、26.7%、28.6%和50.0%；MRE11蛋白在正常组织和重度不典型增生组织中的表达有显著差异（P﹤0.01），在轻度不典型增生和重度不典型增生组织中的表达也有统计学意义（P﹤0.05）。结论：TNS4、N-cadherin和AHNAK2可能是与食管鳞癌预后相关的蛋白分子，TP53、MRE11蛋白可能与早诊相关。