黄瓜矮生基因cp的精细定位

来源 :西北农林科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:garry0809
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矮化株型是黄瓜(Cucumis satvusL.)重要的农艺性状,对于实现黄瓜的密植高效栽培和机械采收具有潜在的应用价值。矮生基因(cp)控制着黄瓜的矮生性状,初始定位已经将cp基因定位在220 kb的区间,且与细胞分裂素氧化酶基因(CKX)共分离。为了进一步缩短cp基因的定位区间,本研究在原有研究基础上对cp基因进行精细定位,得到以下结果:1.以黄瓜矮生材料WI7201(短节间)及蔓生材料WI7200(长节间)为亲本,即与cp初始定位的F2群体的相同亲本,新构建了一个较大的F2群体,利用cp初始精细定位的两侧翼微卫星标记UW084680和UW084870筛选以相同亲本新构建的F2群体中的2043个单株,共筛选出65株重组交换单株;在cp基因初始精细定位的220 kb区间内,利用黄瓜基因组测序结果及生物信息学分析,在标记区域内新开发了 88对微卫星标记,和7对STS标记,其中4对简单重复序列(SSR)标记和1对序列标签位点(STS)标记被成功用于交换单株的分析,并将cp基因定位在178 kb的区间内,其共分离标记是 UW057998 和cpSTS-6。最近的两侧翼标记 UW063076、CKX-indel 和 UW058058 与cp基因分别相距0.06和0.13 cM,此结果排除了 CKX作为cp候选基因的可能性。2.由于上个群体内存在严重的偏分离,我们换用另外一个群体WI7201×CCMC继续进行cp基因的精细定位,利用初始定位的两侧翼微卫星标记UW084680和UW084870筛选2243株矮生F2群体,共筛选出60株交换单株;在上个群体的标记区间内新开发了设计了 15个STS标记,其中有2个在双亲间存在多态性且可以直接用于交换单株筛选。根据STS测序结果设计开发了 3个indel标记,分别是NWSTS001-indel、NWSTS002-indel 以及 NWSTS014-indel;3 个 dCAPS 标记,分别是 NWSTS21-dCAPS、NWSTS012-dCAPS以及NWSTS015-dCAPS。利用上述标记最终将cp基因定位在了 13kb的区间内,遗传距离为0.06 cM,两侧标记分别是一侧的NWSTS009及另一侧的NWSTS014-indel 和 NWSTS015-dCAPS,遗传距离为 0.05 和 0.01 cM。与 cp基因连锁的标记为 NWSTS012-dCAPS。3.在定位区间内的基因预测发现只存在一个基因:跨膜蛋白受激酶体ER。本研究结果不仅为进一步筛选和确认cp基因提供了基础和依据,也为黄瓜矮生性状的分子标记辅助育种提供了科学依据。
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