上海证券交易所和深圳证券交易所经过二十多年的发展，虽然已经取得了长足的发展，但是两个市场还是存在着诸如市场结构不均衡、运作不规范等问题。特别是在1997年和2007年两次金融危机中，我国股票市场呈现出剧烈的波动趋势。本文对我国沪深两市股票市场的波动性展开相关性分析和预测研究。首先利用EMD方法将沪深两市的股票价格指数分解成若干不同频率的分量，然后根据不同分量的周期、均值、方差等特征进行构建组合，提取出市场波动项、重大事件影响项和长期趋势项三个时间序列。其次利用协整检验、Granger因果检验等方法对沪深两个市场的三个时间序列分别进行相关性分析，模型研究结果表明，我国沪深两市存在着较高的联动性。最后本文还对三个时间序列分别构建不同的SVM预测模型，得到各个序列的预测值，再将各序列预测值进行组合得到最终的预测结果。结果表明，该方法比单一的SVM预测模型精度更高。