第一部分直肠癌新辅助放化疗抵抗性的基因组学研究目的基于加权基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA）从分子水平寻找预测直肠癌（Rectal Carcinoma）放化疗疗效的标志物。方法直肠癌GSE119409数据集来源于基因表达综合数据库（gene expression ominibus,GEO）,该数据集包含病理学完全反应（Pathological Complete Response,p CR）与未获得p CR（Non Pathological Complete Response,non-p CR）的患者数据,WGCNA方法构建两组的网络模块,并对所构建网络模块进行GO、KEGG分析。利用Net Rep方法评估网络模块保守性并确定特征性模块,通过分析网络中基因相关属性筛选所构建网络模块的枢纽基因,RT-PCR验证所选基因与直肠癌放化疗抵抗性的关系。结果本研究通过WGCNA方法构建了pCR组11个和np CR组10个网络模块。网络模块保守性评估获得black、blue、green、yellow、purple等5模块认为其与放化疗抵抗性相关。进一步获得SLC22A14、SIDT2、CABP4、EPHB6、RAB11B等5个核心枢纽基因。RT-PCR对上述5个枢纽基因进行验证:其中EPHB6在p CR组表达强度高于np CR组,差异有统计学意义（t=2.661,P=0.0238）;SIDT2在p CR组表达强度低于np CR组,差异有统计学意义（t=2.478,P=0.0326）,RAB11B在p CR组表达强度高于np CR组,差异有统计学意义（t=2.334,P=0.0418）,SLC22A14在p CR组表达强度高于np CR组,差异无统计学意义（t=1.674,P=0.1252）,CABP4在p CR组表达强度高于np CR组,差异无统计学意义（t=1.818,P=0.0992）。结论5个关键模块GO、KEGG富集显示:模块参与非同源重组修复、有机物运输等生物学过程;在Ras信号通路、PI3κ-Akt信号通路等多条通路显著富集。PCR验证发现EPHB6、SIDT2、RAB11B在p CR组和np CR组表达差异具有统计学意义,与直肠癌放疗抵抗性密切相关,可能成为预测指标。第二部分基于WGCNA筛选ESCC放化疗敏感性的枢纽基因目的基于加权基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA）方法从分子水平寻找食管鳞状细胞癌（esophageal squamous cell carcinoma,ESCC）放化疗敏感性的枢纽基因。方法ESCC的GSE45670数据集来源于GEO,该数据集包括了p CR和np CR的患者数据。WGCNA方法构建两组网络模块。对所构建模块进行GO和KEGG分析。利用Zsummary和median Rank两种测量方法相结合的方式评估各个模块的保守性确定特征性网络模块。通过分析网络中基因相关属性筛选所构建网络模块的枢纽基因。结果pCR组中检测到8个模块,npCR组中检测到5个模块,保守性评估方法获得yellow、blue、black、green、red五个特征性模块,筛选出MICAL2、EPHB6、COMMD8、EPS15L1、RBPMS等5个与食管鳞癌放化疗敏感性相关的枢纽基因。结论5个关键模块GO、KEGG富集显示:清除凋亡细胞、细胞生长的正向调控等多种生物学过程;在氧化磷酸化、p53信号通路等多条信号通路显著富集。综合分析网络成员属性筛选到MICAL2、EPHB6、COMMD8、EPS15L1、RBPMS等5个可能作为预测ESCC术前放化疗效应的分子。