Wnt抑制基因甲基化与信号通路活化及胃癌预后的相关性研究

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胃癌是我国的第二大癌症,其发生率和死亡率都仅次于肺癌。患者的5年生存率也只有30%左右。胃癌的发生发展与多种信号通路的异常活化和失活密切相关。其中,Wnt信号通路在胃癌的发展进程中起着关键作用。近年来,随着人们对该通路的研究,发现Wnt抑制基因甲基化是该通路活化的重要机制。并且有报道称表观遗传学的异常改变是胃癌发生的重要原因。基于此,我们对Wnt信号通路的几个关键抑制基因做了重点研究。在第一部中,我们选取了 6个Wnt抑制基因(SFRP2、SFRP4、SFRP5、DKK1、DKK2、APC),通过methprimer在线工具分析这些基因的CpG岛,并设计扩增和测序引物,采用焦磷酸测序技术和荧光定量PCR技术分别检测这些基因CpG位点甲基化水平和mRNA表达水平。然后将这些数据和胃癌的临床信息进行了综合分析。通过分析我们发现,SFRP2、SFRP4、DKK1、DKK2这4个基因的甲基化化水平与胃癌的发生密切相关。SFRP2和DKK2基因的mRNA表达水平在胃癌中明显降低。当同时考虑这些基因的甲基化状态时,我们发现多个Wnt抑制基因共同高甲基化在胃癌中高频发生。SFRP2和DKK2基因甲基化在胃癌组织中存在高度共发的关系,并且这两个基因的高甲基化能够引起Wnt经典信号通路的活化。生存分析发现SFRP2和DKK2基因高甲基化与患者较差生存时间密切相关,说明这两个基因甲基化可能是一个潜在的预后分子标志物。在第二部分中,我们构建了DKK2基因慢病毒表达载体,通过CCK8细胞增殖、克隆形成、细胞凋亡、细胞迁移及细胞侵袭实验对该基因的功能进行了详细研究。结果发现DKK2基因的过表达可以显著降低胃癌细胞的生长速度及克隆形成能力,并且可以引起细胞的凋亡。此外,过表达DKK2基因后也可以显著的降低胃癌细胞的迁移及侵袭能力,说明DKK2作为肿瘤抑制基因,在胃癌的发展进程中十分重要。在第三部分中,我们利用TCGA数据,将Wnt信号通路所有基因(包括经典和非经典信号通路)从基因突变、拷贝数变异、mRNA表达以及甲基化多个水平与胃癌的临床及分子信息进行分析。最终发现Wnt信号通路相关分子的基因突变(主要指基因扩增和基因缺失)在胃癌中高频发生。13个基因的mRNA表达水平在胃癌中异常频率高于10%。且主要以表达上调为主。SMAD4基因突变与患者较差的总生存期具有近似显著的关系,SENP2基因高表达与胃癌患者较好的总生存期具有近似显著的关系。在甲基化聚类分析中,胃癌样本被聚类到了3个差异比较明显的组里。癌症样本的甲基化谱与正常对照样本具有明显的差异,这3个甲基化聚类组与胃癌的分子分型、CIMP状态,肿瘤级别具有相关关系。且在高甲基化的样本组中具有显著增高的β-catenin活性,说明甲基化的异常升高是Wnt信号通路活化的重要原因。
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