胃癌中ASF1B的表达与ATGs及预后的关系

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目的:研究生物信息数据库获取胃癌关键基因,并通过实时定量RT-PCR和免疫组织化学进行实验验证,分析其与自噬相关蛋白的关系及其对患者无疾病生存时间的影响,为今后靶向诊疗及基础研究提供理论依据。材料和方法:1)从GEO数据库下载GSE118916、GSE33651、GSE26899数据集,利用在线工具筛选出共表达差异基因;2)从TCGA数据库下载胃腺癌的临床及测序数据,采用R语言“Limma”程序包做差异分析,并用经典贝叶斯方法识别原始数据,得到差异表达基因(DEGs);3)总和差异基因,利用在线数据库STRING构建差异基因蛋白质互作网络(PPI)图,应用Cytoscape软件下MCODE APP进行模块化分析,筛选出核心基因;4)分别利用DAVID在线工具和UCSC对关键基因进行功能富集分析和构建核心基因的层次聚类图,最后,采用Kaplan-Meier模型进行预后分析;5)收集2017年1月至2019年6月就诊于延安大学附属医院且临床病理资料完整的32例胃癌患者病例,胃癌组织、癌旁组织作为实验组,正常组织作为对照组,分别采用免疫组织化学和Q-PCR验证ASF1B和自噬相关蛋白(LC3、Beclin1)在不同组织的表达情况,进一步探索ASF1B与自噬的相关性,并分析其表达水平对患者临床预后的影响。结果:1)利用生物信息数据库共筛选出43个枢纽基因,其中ASF1B、AURKB、BIRC5、MKi67、MYBL2、P100、PKMYT1、PLK1及UBE2C的高表达与胃癌患者较差的总生存率(OS)相关,进一步分析发现ASF1B与胃癌患者的死亡风险高度相关(HR=1.79 P<0.001);2)Q-PCR结果显示:在患者胃癌组织中ASF1B、LC3、Beclin1 m RNA的表达水平与癌旁组织、正常组织相比具有显著性差异(P<0.05),而癌旁组织和正常组织相比不具有显著性差异(P>0.05)。ASF1B与LC3、Beclin1的表达在患者癌组织中呈显著正相关(rs=0.445 rs=0.451 P<0.05);3)免疫组织化学(IHC)结果显示:在患者胃癌组织中ASF1B、LC3、Beclin1表达水平与癌旁及正常组织相比,具有显著性差异(P<0.05),而癌旁组织和正常组织相比不具有显著性差异(P>0.05)。ASF1B与LC3、Beclin1的表达在患者癌组织中呈显著正相关(rs=0.790 rs=0.564 P<0.05);4)分析ASF1B表达水平对胃癌患者PFS的影响的结果显示:阳性表达组的中位无疾病进展时间为16个月,2年的PFS为11.7%,而阴性组未达到中位无疾病进展期,其2年的PFS为58.3%。两组相比差异具有显著性差异(?2=5.394,P=0.02)。结论:1)基于生物信息学分析结果显示:ASF1B的过表达与胃癌患者的死亡风险显著相关;2)在胃癌患者癌组织中ASF1B的表达趋势是升高的,而在癌旁组织、正常组织中ASF1B的表达趋势上升不明显;3)ASF1B与自噬相关蛋白(LC3、Beclin1)的表达水平在患者胃癌组织中呈正相关;4)ASF1B的过表达是胃癌患者远期预后(PFS)不良的危险因素。
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