燃料电池作为一种节能环保的动力源，受到了国内外电动汽车领域的广泛重视。燃料电池发动机系统已成为燃料电池电动汽车设计研究与开发的主要内容。燃料电池发动机是燃料电池堆及其配套辅助系统的总称。其控制系统的性能决定了燃料电池是否能的长期稳定的运转。本论文以锌空燃料电池发动机为研究对象，采用了以ARM9为核心的S3C2410处理器作为控制器芯片，S3C2410开发板的配置使嵌入式Linux的移植成为可能，从而提高了控制系统的可靠性。本文对嵌入式Linux内核结构进行了分析，实现了Linux2．6内核的移植，根文件系统CRAMFS(compressed ROM file system)的移植，建立了嵌入式系统的开发环境。另外，本文的燃料电池发动机控制器采用CAN(Controller Area Network控制局域网)进行信息传递，因而对S3C2410开发板扩展了CAN接口，并且编写了CAN控制器在Linux系统下的驱动程序。锌空气燃料电池是一种高容量、可长时间使用、可机械性补给燃料的电池。由它构成的锌空燃料电池发动机是一个多输入、多输出、非线性的复杂控制对象，难以建立统一、精确的数学模型，本文将这种发动机分成多个子系统分别研究。其中对于空气供给系统、电解液液位控制系统、去钝化系统，本文采用模糊控制算法分别建立了模糊控制器，并用MATLAB的模糊控制工具箱和SIMULINK仿真工具对前两个子系统建立了仿真模型。在此基础上，本文对模型的控制性能作了初步研究，得到了比较满意的结果。