元宝山冷杉是松科冷杉属的常绿针叶乔木，是世界上仅产于广西中部元宝山的珍稀濒危植物。在国家公布的首批珍稀濒危保护植物中，它被列为一级保护的濒危植物，并于1998年被IUCN“针叶树保护行动计划”列为重点保护对象。元宝山冷杉是第四纪冰期幸存下来的濒危植物，是研究我国第四纪冰川时期植物区系和气候变迁的“活化石”，也是我国生物多样性的关键类群。元宝山冷杉分布范围狭窄，集中分布在元宝山林区海拔1900~2000 m的蓝坪峰，生长于针阔叶混交林中，面积仅20hm2左右，在其他地方只有零星分布，种群数量不足1000株。 本研究选用了元宝山冷山种群内三个不同采样地点的125株成熟大树的幼叶作为研究材料，采用cpSSR和SSR两种分子标记方法，对元宝山冷杉样品的遗传多样性水平和遗传结构进行了研究。从保护遗传学的角度为制定科学有效的元宝山冷杉保护措施提供科学的依据。本研究获得如下结果： 1.cpSSR分子标记方法揭示元宝山冷杉居群总共有14种单倍型组合模式，其有效单倍型数为6.9168，由 14种单倍型组合出现的频率计算得出的单倍型期望杂合度为0.8554。在14种单倍型中，有4种单倍型在元宝山冷杉种群内是比较普遍的。 2．SSR分子标记方法揭示元宝山冷杉居群7个基因座的等位基因观测数（Na）为16，有效等位基因观测数（Ne）为9.7073。元宝山冷杉等位基因的观测杂合度（Het）为0.2834，期望杂合度为0.3088。由各等位基因出现的频率计算种群内各基因座的总内繁系数Fis为-0.041。说明元宝山冷杉种群的遗传多样性水平低，但近交情况并不严重，只有轻微的纯合子过量现象。 3. 对元宝山冷杉根据Nei&Li遗传距离利用 NJ法进行聚类分析和基于SSR进行了主成分分析（PCA），结果都显示：元宝山冷杉种群内个体间遗传相似性程度很高，整个种群的遗传多样性水平低。 4.cpSSR和SSR两种标记方法揭示的元宝山冷杉种群的遗传多样性和遗传结构的数据表明，该种群的遗传多样性水平低。本研究的结果为今后有效地保护好该物种而制定明确的保护策略提供了有价值的信息。建议在保护元宝山冷杉种群时就要保护好居群内的所有个体，同时要重视分布地区全面的保护工作。