小蓝雪花(Ceratostigma minus Stapf ex Prain)是白花丹科(Plumbaginaceae)蓝雪花属(Ceratostigma Bunge)植物,为中国特有种,主要沿雅鲁藏布江(Yarlung Zangbo River)、怒江(Nu River)、澜沧江(Lancang River)、长江(Yangtze River)上游(包括支流雅砻江、大渡河、岷江、元江、白水河等)等河流分布,位于四川西部、西藏东部,南至云南中部、北达甘肃文县的干热河谷地区。本文通过对小蓝雪花谱系地理学的研究,从居群水平揭示小蓝雪花的遗传多样性、遗传结构、地理起源与分化,初步探讨小蓝雪花的现存居群的谱系地理结构、遗传多样性分布格局及其与分布区内河流之间的关系。本研究利用两个叶绿体DNA(cpDNA)片段trn L-F和petL-psbE序列对所采集的45居群共741个个体的小蓝雪花进行了遗传多样性分析,共得到31个单倍型。研究结果表明,物种水平上的单倍型多样性(Hd)和遗传多样性(HT)均较高(Hd=0.825 HT=0.847),同时,小蓝雪具有较高的居群间遗传分化系数(GST=0.920)。AMOVA分析显示,小蓝雪花的种内变异主要存在于居群间(HT=0.847)。通过重建小蓝雪花种内进化树以及分歧时间估算发现小蓝雪花的分布与河流分布有很大关系,嵌套分支分析发现影响小蓝雪花地理结构的因素主要有异域片段化和距离的隔离作用限制基因交流,支持了种内进化树的结果。失配分析和中性检验数据均支持小蓝雪花没有经历过居群扩张。