本文以Y省卫健委应对新冠肺炎疫情重大突发公共卫生事件为例,通过运用应急管理全过程理论和“PPRR”危机管理模型对Y省卫健委的应急处置过程进行实证研究和案例分析,分析Y省卫健委对首个感染病例和社区聚集性发病案例的处置过程和效果,研究机构改革后的地方卫生行政部门在应对重大突发公共卫生事件中的主要职责是什么,其组织结构与应急管理效率的关系、与其他部门的纵向执行过程是如何进行的,Y省卫生健康委员会作为地方卫生行政部门,在应对重大突发公共卫生事件的过程中,起到了“牵头”防控作用,其应急管理能力直接影响Y省重大突发公共卫生事件的防控效果。通过研究发现,Y省卫健委在疫情防控工作中起着至关重要的作用,在疫情防控中做到关口前移、靠前指挥,通过提前研判、部门协调、统筹布局等落实疫情防控应急管理措施,在本次重大突发公共卫生事件疫情防控工作取得了一定成效,在应急处置过程中保障了社会安全和人民健康,使得社会恢复到了事件发生前的和谐状态。但也存在一些不足,笔者发现Y省卫健委存在层级制的缺陷使得应急响应滞后、横向与纵向的应急联动机制尚未健全、突发公共卫生事件应急信息整合与共享不到位的问题,针对这些问题笔者提出了“融合式”协调机制、应急管理工作委员会制度以及应急管理信息问责监督机制,在一定程度上促进Y省卫健委突发公共卫生事件应急管理机制的改进和完善。