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本论文利用优异的陆地棉栽培品种中棉所36和海岛棉品种海1杂交,中棉所36为轮回亲本,构建含BC1F1、BC2F1和BC1S1三个世代的回交群体,利用BC1F1分离群体以SSR标记构建连锁图谱,采用复合区间作图方法（CIM）对纤维品质性状、产量性状和抗黄萎病性状进行QTL定位研究,以将海岛棉优异基因导入陆地棉优异栽培品种,来拓宽陆地棉狭窄的遗传基础,为品种改良提供更丰富的资源材料。 1、种间回交各世代群体的纤维品质性状、产量性状和抗黄萎病性状的各个指标大部分符合正态分布。性状间相关分析显示纤维长度与纤维强度为正相关,而与马克隆值负相关;子指与铃重为正相关,而与衣分负相关。衣分与纤维长度和纤维强度成负相关,而与马克隆值成正相关。本实验中的QTL共定位现象为以上相关关系提供了遗传解释。 2、用亲本和F1混样DNA对不同来源的1123对SSR引物进行多态性筛选,共筛选到357对多态性引物,占筛选总引物的31.8%。共对226对引物进行群体检验,获得239个SSR标记位点,其中220个标记位点连锁。共构建32个连锁群,覆盖2408.3cM,每个连锁群平均包含6.9个标记位点,标记间平均相距10.9cM。其中26个连锁群确定了对应的染色体。 3、依据BC1F1、BC2F1和BC1S1三个不同世代的纤维品质数据,共定位纤维品质的5个性状的38个QTL,其中纤维长度11个,纤维强度7个,马克隆值6个,纤维整齐度8个,纤维伸长率6个。其中BC1F1世代13个,BC2F1世代11个和BC1S1世代14个。每个QTL分别解释6.8%～18.5%的表型变异。纤维长度的3个QTL,马克隆值1个QTL,均能在2个不同世代检测到。 4、利用BC1F1、BC2F1和BC1S1三个不同世代分离群体产量性状数据,共定位19个产量性状QTL,解释表型变异7%～23.7%。在LG24上同一位置3个世代均检测到1个衣分QTL,还有3个衣分QTL在二个世代均可以检测到,意味着这些QTL在不同遗传背景下稳定遗传,可以用于标记辅助育种。 5、利用BC2F1和BC1S1两个不同世代分离群体在人工病圃和大田的黄萎病抗性数据,共定位23个黄萎病相关性状QTL,分别解释表型变异的6.4%～24.5%。在LG17上的一个QTL,与最近标记相距0.03cM,在病圃及大田的2个世代均能检测到,遗传效应稳定,最大能解释24.5%的表型变异,抗性基因来源于海岛棉,可以用于标记辅助选择。