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线粒体是存在于绝大多数真核生物细胞内的一种基本的、重要的细胞器。脊椎动物线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)是共价闭合的环状双链DNA,能进行自我复制,具有严格的母系遗传特性,在世代传递过程中不发生基因重组。mtDNA已被广泛应用于脊椎动物进化遗传学和种群遗传学的研究,为从分子水平上解决物种的系统发育问题提供了理想的研究材料。
挂榜山小鲵(Hynobius guabangshanensis)隶属于两栖纲(Amphibia)、有尾目(Urodela)、小鲵科(Hynobiidae)。本研究通过通用引物测出几个基因片段然后通过LA-PCR扩增出两个基因之间的长片段,再用PCR引物步移测序等方法,测定了挂榜山小鲵线粒体全长。测序结果利用DNAStar软件包中的Megalign程序对同源序列进行排列,并经人工仔细核查。实验分析结果表明:挂榜山小鲵线粒体全长为16408bp,其中A为5484个,占33.4%;C为3478个,占21.2%;G为2255个,占13.7%;T为5191个,占31.6%。A+T含量明显大于G+C含量。
小鲵科物种截止2009年10月共有19个物种测定了线粒体基因全序列。本文利用MEGA4.0对NCBI上19个小鲵科物种线粒体基因全序列进行了比对,并选取了线粒体上几个基因进行系统进化分析,计算不同序列间的碱基组成、变异位点、简约信息位点数、转换/颠换比等等;用MEGA4.0软件基于P-distance模型构建19个小鲵科物种的遗传距离,采用Kimura2-parameter模型最大简约法(Maximum-Parsimony)和邻接法(Neighbor-Joining Method)分别构建MP分子系统树和NJ分子系统树。