2018年12月29日通过的《中华人民共和国耕地占用税法》明确要求加强各部门合作,建立部门协作机制,我国学者过去侧重的研究方向一般都是集中在耕地占用税税制、税率、课税目标等方面上,在如何能够更好地贯彻《中华人民共和国耕地占用税法》以及征管工作流程的方面很少进行有针对性的研究,因此本文聚焦于耕地占用税征管中的关键点即各部门协作问题,着力于目前Y区各个相关政府职能部门在征管耕地占用税的工作中存在的各种问题以及产生问题的原因,研究各部门在协作征管中可能会遇到的问题及制度设计缺陷,并提出完善Y区耕地占用税征管中部门协作的对策。本文分为四个部分,第一部分介绍了耕地占用税和部门协作的概念,通过运用协同政府理论、行政协助理论、信息不对称理论来进行论述。第二部分介绍了Y区耕地占用税征管的历程,具体研究了Y区各部门的协作现状,其中包括相关机构设置、相应的职责以及Y区各部门通过协作取得的成效。第三部分通过多角度分析得出Y区在征管耕地占用税中部门协作存在的主要问题是:各相关部门管辖权重叠、各相关部门对税款的认定不一致、各相关部门缺乏协作的诚意、耕地占用税款无法及时足额入库。产生这些问题的原因主要是各相关部门的职责不明确、协作制度不规范、互相缺乏沟通、人员编制不足以及Y区政府没有履行纳税人义务。第四部分针对Y区征管耕地占用税的实际情况和产生诸多问题的原因提出了四个方面的对策:完善部门协作制度、提升部门协作能力、创新部门协作方式、加强部门协作监督。通过建立全区耕地占用信息系统、实行全业务一体化办理,可以有效地提升各部门的协作实效。依靠地方政府、各相关部门、公众的多重监督,避免《中华人民共和国耕地占用税法》在贯彻执行中出现各种问题,确保耕地占用税征管工作能够顺利进行。