人胰腺癌吉西他滨耐药细胞株中lncRNA表达谱初步筛选及研究

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目的:利用高通量长链非编码RNA(Long noncoding RNAs,Lnc RNAs)芯片检测胰腺癌亲本细胞株SW1990及吉西他滨耐药株SW1990/GZ的lnc RNA与m RNA表达谱变化,初步探索吉西他滨对SW1990细胞中lnc RNA表达量的影响,并对差异表达的m RNA作进一步的生物学信息分析,从新的角度探索胰腺癌耐药发生的分子机制,从而为逆转胰腺癌癌细胞耐药治疗提供新的靶点。方法:采用体外间歇浓度梯度递增法构建人胰腺癌吉西他滨耐药细胞株SWl990/GZ;光学显微镜下观察两细胞形态;MTT法检测SWl990/GZ相对于其亲本细胞SW1990的耐药性和耐药倍数、绘制生长曲线、计算倍增时间以及流式细胞仪分析SW1990及SWl990/GZ的细胞周期;运用高通量lnc RNA芯片(Human Lnc RNA Microarray V2.0)比较胰腺癌耐药细胞株SWl990/GZ与亲本细胞SW1990之间lnc RNA和m RNA表达谱差异;对差异表达的m RNA行生物学信息分析;采用实时荧光定量PCR对差异表达谱中的6个lnc RNA(RP11-58D2.1,linc RNA-ZNF532,AP000221.1,CTC-338M12.5,CR619813,DDX6P)和9个m RNA(SYT1,FAM171B,ZNF331,FAM187B,CYP1A1,SRXN1,HIST1H2BL,TOMM40L,SPP1)进行验证;将SW1990培养在含有吉西他滨浓度为1.5μM不同的时间(0,1,2,4,8,16 d)及将SW1990培养在不同浓度(0,1,2,4,8,16μM)吉西他滨培养基中24h,采用实时荧光定量PCR检测SW1990细胞株linc RNA-ZNF532、DDX6P的表达量的变化情况。结果:1、成功建立了人胰腺癌吉西他滨耐药细胞株SWl990/GZ,SWl990/GZ与SW1990同源。2、在细胞形态学上,SWl990/GZ较SWl990发生了明显改变;SW1990和SWl990/GZ对吉西他滨的IC50值分别为3.03±0.27μmol/L、230.46±0.31μmol/L,耐药指数(RI)达到71.6,两者比较有显著差异(P﹤0.01)。CCK-8法测得SW1990/GZ比SW1990细胞的生长速度变慢,两者的倍增时间分别为32.80±2.12h和22.36±1.78h(P﹤0.05)。与SW1990细胞相比,SW1990/GZ的G1细胞增多(P﹤0.05),G2期细胞减少(P﹤0.05),S期细胞比例无明显差异(P>0.05)。3、lnc RNA芯片结果显示耐药细胞株SW1990/GZ与亲本细胞株的lnc RNA和m RNA表达差异显著:lnc RNA中,2倍以上表达上调的lnc RNA为1993条,2倍以上表达下调的lnc RNA为2990条;m RNA中,2倍以上表达上调的m RNA为2671条,2倍以上表达下调的m RNA2088条,GO分析这些m RNA主要新陈代谢过程、细胞周期、分子粘合物、核苷酸结合物、激酶活性、细胞核、细胞质等方面有关联,Pathway分析发现参与Toll-样受体信号传导途径、小细胞肺癌、慢性粒细胞白血病、胰腺癌、DNA复制、膀胱癌、非小细胞肺癌、P53通路、糖酵解/糖异生等调节通路。4、实时定量PCR结果显示:与胰腺癌亲本SW1990细胞相比,吉西他滨耐药株SW1990/GZ中的lnc RNA基因:RP11-58D2.1(p<0.01),linc RNA-ZNF532(p<0.01),AP000221.1(p<0.01)表达上调,而lnc RNA基因:CTC-338M12.5(p<0.05),CR619813(p<0.05),DD-X6P(p<0.01)表达下调;与胰腺癌亲本SW1990细胞相比,吉西他滨耐药株SW1990/GZ中的m RNA基因:SYT1,FAM171B,ZNF331,FAM187B,CYP1A1表达上调(p<0.01),而m RNA基因:SRXN1,HIST1H2BL,TOMM40L,SPP1表达下调(p<0.01),q RT-PCR检测结果与芯片结果是一致的。胰腺癌SW1990细胞中lnc RNA(linc RNA-ZNF532、DDX6P)表达量受吉西他滨培养浓度及培养时间的影响。结论:1、成功的建立了人胰腺癌吉西他滨耐药细胞株SW1990/GZ,相对于亲本细胞SW1990,其生物学特征发生了显著改变;2、lnc RNA基因芯片是筛选胰腺癌吉西他滨耐药细胞株差异表达基因的一种理想有效的工具;3、首次采用用lnc RNA基因芯片表明在胰腺癌吉西他滨耐药细胞株中存在异常表达的lnc RNA及m RNA基因,并运用实时荧光定量PCR对异常表达的部分lnc RNA及m RNA基因进行验证,进一步提高了芯片结果的可信度,生物学信息初步分析显示这些异常表达m RNA可能在胰腺癌耐药的发生发展中发挥作用;4、胰腺癌SW1990细胞中lnc RNA表达量受吉西他滨培养浓度及培养时间的影响,lnc RNA可能是胰腺癌化疗耐药潜在的基因治疗靶点。
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