我国上市公司普遍存在大股东侵害小股东的现象，公司的股权结构，特别是控股权的高度集中决定了我国上市公司的主要代理问题是大股东与中小股东之间的代理冲突，进而可能影响到公司绩效。基于此，本文主要研究股权结构、公司绩效与投资者保护之间的互动关系。本文将股权结构、公司绩效与投资者保护纳入同一个框架体系内进行分析，以2003-2005年中国上市公司A股的数据为基础，运用中介效应检验和路径分析法，通过多元线性回归和主成分分析法对变量进行检验，来研究这三者的关系。主要研究结论如下：第一，股权集中度和国家股的比例与公司绩效显著负相关，股权制衡指标、法人股比例和流通股比例与公司绩效显著正相关；第二，股权集中度和国家股的比例与投资者保护显著负相关，股权制衡指标、法人股比例和流通股比例与投资者保护显著正相关；第三，投资者保护与公司绩效显著正相关；第四，股权结构对公司绩效的作用机制受到投资者保护的影响，即股权结构通过投资者保护这一中介来影响公司绩效。通过分析，我们发现股权机制、“一股独大”、现金流量权与控制权的分离、国有产权主体缺位是导致中小投资者被侵害主导原因，其他控股股东、法人股、流通股可以影响大股东对中小股东的利益侵占程度，这说明完善的公司治理能有效地抑制大股东的“掏空”行为，从而防止公司绩效的下降。