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锥栗(Castanea henryi(Skam)Rehd.et Wils.)属壳斗科栗属植物,是我国南方著名的果材兼用树种。锥栗的栽培历史悠久,形成了一批主栽农家品种,而野生锥栗群体中保存着大量的遗传资源。要有效地开展良种选育,首先必须了解其遗传多样性状况。本文利用高通量测序技术开发锥栗基因组和转录组SSR标记,应用开发的SSR分子标记研究锥栗野生和栽培群体的遗传多样性,对于锥栗基因资源的保护和育种利用具有重要的意义。主要研究结果如下:1、对SSR富集文库进行测序,在高质量的2,051,475条序列中,总共搜索到2,117,345个SSR,以复合形式存在的SSR数量为640,155个。锥栗GC含量为35.8%,二核苷酸为重复单元的SSR含量最多,占总数的73.22%,之后依次为三核苷酸(12.61%)、单核苷酸(12.56%)、四核苷酸(1.33%)。单碱基重复、二碱基重复和三碱基重复优势重复单元分别为:A/T、AC/GT、AAG/CTT。以8个农家品种为材料,筛选出10对稳定性好、多态性较高的基因组SSR引物组合。2、以锥栗优良品种“建瓯1号”为材料,对其根、茎、叶、雌花、雄花、果实组织进行了转录组测序,得到Unigene176,928条,NR数据库注释了45,036条Unigene(44.23%),获得的信息最多,KEGG数据库获得的信息最少,仅有6695条Unigene得到注释,在所有数据库中均被注释到的Unigene有5422条,仅占3.06%。通过SSR搜索到35,972对引物,分布频率为20.33%。其中单碱基重复21,762个,占60.50%,之后依次为二核苷酸(24.83%)、三核苷酸(13.69%)、四核苷酸(0.86%)。以8个农家品种为材料,筛选出6对稳定性好、多态性较高的转录组SSR引物组合。3、利用开发的基因组SSR和转录组SSR对锥栗野生和栽培群体进行了遗传多样性分析。10对基因组SSR主要分布在107-370bp之间,6对转录组SSR主要分布在100-328bp之间。基因组SSR和转录组SSR联合分析的结果表明:群体观测等位基因数为2.375-5.875,有效等位基因数为1.749-3.843,Shannon信息指数为0.607-1.433,期望杂合度为0.384-0.710;群体基因多样性(Ht)为0.742,群体内基因多样性(Hs)为0.596,基因分化系数(Fst)为0.196,基因流Nm为0.039;基于遗传距离对群体进行聚类分析,将12群体分为4大类,第I类包括:福建省建瓯市“油榛”栽培群体(JY)和福建省建瓯市“铁锥”栽培群体(JT);第II类包括:福建省建瓯市“处暑红”栽培群体(JC);第III类包括:浙江省丽水市群体(LS)和江西省九江市群体(JJ);第Ⅳ类包括:贵州省贵阳市群体(GY)、贵州省黎平县群体(LP)、湖南省群体(HN)、福建省建瓯市农家品种群体(JS)、福建省泰宁县农家品种群体(TNKS)、福建省泰宁县群体(TN)、四川省洪雅县群体(HY)。