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本研究在NCBI Organdle Genome Resources数据库下载了后生动物线粒体基因组和植物叶绿体基因组数据，利用perl语言及Bioperl的程序包Bio::SeqFeatureI编写程序提取了基因组的基因序数据。对整理后得到的基因序数据使用本研究开发的基因序的两两比对算法进行了基因序的两两比对，利用符号来表示不同的基因序重组类型。主要研究的基因序重组类型包括6种:基因编码链的转换、相邻位置基因或基因簇的位置转换、基因的丢失、重复、基因的共有基因簇、以及基因的重复随机丢失模型。根据不同基因序重组类型的打分矩阵给出两两基因组基因序比对后的基因序重组距离，利用Phylip软件的Neighbor程序构建系统发生树，从而得到不同物种之间基于基因序重组数据的系统发生关系。研究中根据基因序的两两比对的结果总结了后生动物线粒体基因组基因序中6种类型的基因序重组的基本规律，对绿色植物叶绿体基因组基因序主要从保守的基因簇、反向倒置重复片段和共有基因簇这三个方面进行了总结。本研究选取了32种后生动物的线粒体基因组基因序和40种单子叶植物的叶绿体基因组基因序数据，进行了基因序的两两比对及利用基因序重组距离构建了系统发生树，并将其与基于条形码序列（后生动物选择COX1基因作为条形码基因，植物叶绿体选择rbcL、mark和rpoB联合作为条形码序列）构建的系统发生树相比较验证了利用基因序重组数据构建系统发生关系的有效性和可靠性。