肝细胞癌中DEK基因启动子甲基化研究

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目的:DEK蛋白最初被发现于急性髓系白血病(acute myeloid leukemia, AML)中,它与CAN形成DEK-CAN融合蛋白。DEK在多种肿瘤中呈现过表达,显现出与肿瘤发生发展的密切关系。DEK基因在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达量明显高于正常肝细胞,提示DEK可能在HCC的发病机制中发挥重要作用。我们希望通过研究DEK基因启动子区域在HCC细胞系中的甲基化水平与DEK表达量之间的关系来阐明DEK基因在HCC中表达上调的表观遗传学机制。方法:选取七种HCC细胞系,以一种正常肝细胞系和一例正常肝组织作为对照,通过荧光定量PCR和Western blotting方法,分别检测DEK在mRNA水平和蛋白水平的表达量。应用亚硫酸氢钠-基因组测序法(Bisulfite genome-sequencing, BGS)测定DEK基因启动子区域的甲基化水平,并获得了详细的甲基化位点。应用生物信息学方法对DEK启动子区域进行分析,确定其可能的转录因子结合位点。应用PCR法扩增了位于DEK基因启动子区域的4个片段,分别将用甲基化酶处理过和未处理过的各片段插入荧光素酶报告基因表达载体,重组质粒转染HepG2细胞,检测荧光素酶表达活性。结果:DEKmRNA和蛋白表达水平在HCC细胞中均上调。BGS法检测结果显示,DEK基因启动子区域CpG岛甲基化水平在HCC细胞系中明显下调,正常肝细胞和正常肝组织的DEK基因启动子区域甲基化水平较高,并且集中在启动子下游,紧邻转录起始位点区域。通过分析DEK基因启动子区域CpG岛上的甲基化情况,发现许多甲基化的位点恰好位于转录因子结合序列上。荧光素酶表达活性检测结果显示,甲基化能够普遍抑制DEK启动子的活性;在未被甲基化处理的片段中,CpG岛的近转录起始区(CpG2-1)活性明显高于其上游启动子片段(CpGl)活性,而CpG2-1片段中只保留集中发生甲基化的紧邻转录起始区(CpG2-2)启动子活性没有明显降低。结论:HCC中DEK基因启动子区域CpG岛发生了去甲基化作用,并且这种去甲基化与DEK的过表达显著相关。CpG位点的甲基化可能抑制了转录因子与启动子特异序列的结合,从而抑制DEK基因的转录。DEK基因启动子区域CpG岛上集中发生甲基化的近转录起始区片段可能是调控转录的关键区域。
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