姬鼠属(Apodemus)是啮齿目动物中分布广泛、种类繁多的一种动物类群。这类小型兽类在在中国绝大部分省份均有分布,在小型哺乳动物群落中他们占领的生态位大小和个体数量上均具有显著优势,而且这些物种是多种动物源致病因子的野外宿主和媒介。然而,关于姬鼠属的分类和各种的分布情况存在许多疑问。中国已知种类及分布概况亦亟待修订。本研究对来自于中国疾病预防控制中心传染病所媒介控制室与中国科学院动物研究所的1206份姬鼠属样本进行线粒体基因(COI,Dloop,Cytb)和核基因(IRBP)进行测序并开展系统进化分析。在本研究中,首先通过对119份中国姬鼠属代表样本的线粒体COI基因测序,利用DNA条形码技术进行种类的鉴定并采用邻接法建立系统发育树,结果表明,我国(大陆)目前存在至少8种姬鼠属种类,分别是黑线姬鼠(A.agrarius)、大耳姬鼠(A.latronum)、朝鲜姬鼠(A.peninsulae)、齐氏姬鼠(A.chevrier)、澜沧江姬鼠(A.ilex),乌拉尔姬鼠(A.uralensis)和中华姬鼠(A.draco),还发现了一个来自于贵州省梵净山的姬鼠未定种(an undefined species)。此外根据此部分结果绘制了中国姬鼠属种类的分布图,并就各种的地理分布展开讨论。其次,继续对其他样本的线粒体Cytb基因扩增测序,序列分析,与Genbank中的姬鼠序列一同分析,并采用贝叶斯法构建系统发育树分析全球姬鼠属种类的系统关系。此外,就中华姬鼠、澜沧江姬鼠、姬鼠未定种以及黑线姬鼠、齐氏姬鼠分两组重建单倍型网络图,具体分析这几个亲缘关系较近的种间关系和动物地理关系。除此之外,基于线粒体Cytb基因的系统进化树分支情况,选出具有代表性的162份样本基于另外的基因片段(IRBP和Dloop)进行扩增,分别针对核基因构建贝叶斯系统发育树,同时针对线粒体联合基因(COI、Cytb和Dloop)基于BEAST法重建各姬鼠种的分化时间树,查看及比较各种的分化时间,综合分析中国姬鼠种类系统进化关系。结果表明,核基因与线粒体基因在鼠种的分类情况上呈现出一致性,确认上述8个姬鼠种均为有效种,包括澜沧江姬鼠和贵州省梵净山地区的姬鼠未定种。这些种类分别属于姬鼠属的三个大的分支,其中乌拉尔姬鼠与中亚、欧洲的姬鼠种类聚为一个分支;黑线姬鼠、齐氏姬鼠和朝鲜姬鼠则与分布于东亚的姬鼠种类聚为一个分支;余下的中华姬鼠、澜沧江姬鼠、大耳姬鼠和未定种形成一个分支。另外,本次研究的样本中未涉及喜马拉雅姬鼠和台湾姬鼠中,台湾姬鼠仅存在于中国台湾,而喜马拉雅姬鼠的有效分类地位还需进一步证实。就分化时间而言,整个中国姬鼠属分化时间可追溯到10.14Ma,乌拉尔姬鼠为最早分化的姬鼠种类,可追溯到9.04Ma。齐氏姬鼠与黑线姬鼠的分化时间为2.15Ma,澜沧江姬鼠与中华姬鼠的的分化时间在2.48Ma,而贵州省梵净山的姬鼠未定种早在3.68Ma发生分化。