蓝氏贾第虫(Giardia duodenalis)是哺乳动物中常见的胃肠道寄生原虫,感染宿主后常导致消化不良、腹泻、腹痛、生长缓慢等,从而对畜牧业造成损失及危害人类健康。尽管已经有许多研究报道了贾第虫在集中饲养的奶牛和绵羊中的分布情况,但是关于贾第虫感染自由散养动物,尤其是在寒冷、空气稀薄,典型高原山地气候地区的牦牛和藏羊中的分布情况报道很少。因此,本研究利用多位点基因分型(MLG)技术,对青海地区放养的牦牛、藏羊进行贾第虫的阳性率和基因型调查,并通过与江苏兴化地区集中饲养的奶牛进行对比,以比较不同生境条件下贾第虫阳性率和基因型的异同。从青海省的八个县共采集1100个粪样,包括495个藏羊粪样和605个牦牛粪样;从江苏省兴化市采集512个奶牛的粪样。在β贾第虫素(β-giardin,bg),谷氨酸脱氢酶(glutamatedehydrogenase,gdh)和磷酸丙糖异构酶(triosephosphate isomerase,tpi)三个基因位点上进行巢氏PCR扩增,并运用多位点基因分型(multilocus genotyping,MLG)技术对测序结果进行基因型及亚型的划分,结合三个位点的阳性结果进行多位点基因的命名和建树,分析亲缘关系。贾第虫感染牦牛和藏羊的阳性率分别为10.4%(63/605)和13.1%(65/495)。共发现两个基因型,基因型A在2头牦牛和10头藏羊中检测到,基因型E在60头牦牛和51头藏羊中检测到。此外,在牦牛和藏羊中分别发现了 1例和4例基因型A和E的混合感染。根据序列间的碱基差异,在bg,gdh和tpi位点,基因型E分别形成了 10、18和7个亚型,其中各包括1,10和2个新亚型。基于MLG技术分析共获得28个MLGs,包括27个基因型E的MLGs和1个基因型A的MLG,其中两个基因型E的MLGs是牦牛和藏羊共有的多位点基因。每种MLG在两种动物中检测到的数量都不超过7个,大多数的MLGs形成了具有宿主特异性的簇。上述结果说明在青海地区生态系统中藏羊和牦牛基因型E的亚型具有多样性,也表明在藏羊和牦牛之间发生跨种传播的可能性很小。从江苏兴化奶牛中共检测到40个阳性样品,阳性率为7.8%,其中断奶一周奶牛中的贾第虫阳性率高达96.7%(29/30)。该样品中主要检测到基因型E以及在bg和gdh位点各检测到一个人兽共患基因亚型A1。基因型E在bg,gdh和tpi位点分别形成6、5和7个亚型,其中各基因位点包括一个新亚型。该研究中每个位点的优势亚型,在藏羊和牦牛中都有检测到,表明这些亚型是贾第虫长久存在和分布广泛的亚型,具有一定的跨种传播可能性。通过多位点基因分型发现奶牛共形成15个基因型E的MLGs,与藏羊和牦牛中的MLGs完全不同。通过序列比对发现两地获得的贾第虫序列有明显的碱基差异,建树结果也显示奶牛独立成簇,说明青海与江苏兴化的贾第虫存在地理隔离。以上研究结果有助于我们了解贾第虫在不同生境、不同养殖模式下的分布情况,从而为预防该虫种在动物和人与动物之间的传播提供理论依据。