水价问题是南水北调东线水资源系统管理的关键问题。为了研究适应市场经济体制下水权转让要求的水价理论，针对经典工程水价研究视角局限在工程与经济方面、忽视市场供求主体沟通协调的缺陷，本文在系统科学、博弈论和供应链理论的指导下，运用多学科交叉的集成分析方法，形成了适用于南水北调东线新运营环境的定价理论体系。用供应链管理理论研究南水北调东线水资源流转过程中的定价问题开辟了跨流域调水定价研究的新视角，在南水北调水资源大系统定价理论与方法层面具有开拓性意义和广泛的应用前景。 本文用供应链思想把南水北调的供需各方统一为一个整体，界定了东线的水权交易主体，设计了在南水北调办公室调度控制中心统一协调下的三层无缝供应链；建立了基于供应链的东线水资源分层定价理论，将南水北调东线水价研究扩展到运营阶段。 在分层定价理论框架下，分析了东线供应链定价的本质、目标、原则。从财务与工程相结合的视角，对水价的成本要素及影响因素进行了分层分析。建立了基于OA的东线供应链作业成本分配模型，设计了东线供应链的作业环节，通过实例测算，与传统成本分配模型进行了对比分析。 建立了三层动态博弈定价模型。首先证明了在无约束假设下的合作博弈定价模型中，各级节点所获供应链整体利润高于非合作的Stackelberg动态博弈分散定价时的利润。其次根据各层节点特点，设计了两部制水价、多阶段的最高限价、利润分配因子、无论收货均需付款约束、内外部市场的歧视性价格、价格累进约束、供求变化约束等；最终对扩展模型进行了七种参数下的数值试验，运用遗传算法结合混沌搜索求解数值解，验证了证明结论，分别给出了各节点的定价策略。最后通过对南水北调东线供应链定价风险的内涵分析，建立了利用水期权、远期合约、互换合约规避价格风险的模型，对供应商及用户的利润变化进行了分析，指出利用金融衍生产品可有效降低东线水资源供应链价格风险。