为了更加高效、准确地进行马铃薯品种真实性鉴定,本研究利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术和荧光毛细管电泳技术筛选得到20对多态性高、扩增稳定的SSR引物,确定各引物的特征峰识别及参照品种;对收集保存的231份材料进行了系统的遗传多样性和群体结构研究,并对供试材料构建特有的指纹图谱;此外,采用筛选的引物组合对20份资源材料进行真实性鉴定,并对非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和荧光毛细管电泳的检测结果进行比较分析。主要研究结果如下:1.利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对34份骨干亲本进行分析,从81个SSR标记中初步筛选出28对扩增条带清晰、重复性好的SSR标记。对入选引物标记荧光染料,利用ABI 3730电泳仪对231份供试材料进行4重荧光毛细管电泳分析,筛选出20对多态性强、毛细管电泳峰型易读取的引物。利用不同引物数量组合的相关性分析及不同样本量和标记数量的遗传相似系数矩阵之间的相关系数比较分析可知,筛选的20对引物组合是进行231份材料遗传多样性分析的最少引物组合。分析各引物在毛细管电泳中的峰型特征,确定各引物特征峰的识别,确保读取数据的一致性和准确性。筛选到48份材料作为参照品种,用以校正系统误差。选取与‘中薯3’和‘中薯5’同名的材料分别与资源库保存标准样品进行真实性鉴定,结果发现,待检样品与标准样品指纹数据一致,判定其与标准样品为同一材料。2.利用20个SSR标记分析了供试材料的遗传多样性,在231份材料中共扩增出211个等位变异,遗传相似系数在0～0.5000区间的材料对数占总数的1.4%,遗传多样性不够丰富。基于遗传多样性系数的邻接法聚类分析将供试材料分为3个大类群,利用Structure软件也将所有材料分为3个亚群,聚类分析结果和群体结构分析结果显示具有血缘关系的材料大多被聚在一起。利用所选20个标记组合构建231份材料特有的指纹数据,可将所有材料全部区分。3.应用荧光毛细管电泳技术与非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,选用20个标记组合分别分析了20份材料的电泳结果。比较发现,非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳比荧光毛细管电泳结果多检测出70个等位变异数,所检测到的引物PIC也更高,但两者聚类结果具有一定相似性。荧光毛细管电泳可用软件读出等位变异大小,检测结果更加快速、准确,且易于统计分析。利用所选20对引物组合构建了20份材料的指纹图谱进行品种真实性鉴定,结果显示‘C58’与‘C60’两份材料间差异位点数=0,因此判定为疑同品种,田间鉴定结果同样印证了分子鉴定结果,表明品种的DNA指纹信息可作为品种间识别的分子依据。本研究基于荧光毛细管电泳和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行核心引物筛选、峰值识别、指纹数据统计分析为完善马铃薯真实性鉴定中的SSR标记方法提供了重要依据,有利于进一步规范种业市场,维护企业、育种家、农民的合法权益;对供试材料进行遗传多样性分析和群体结构分析,揭示供试材料的遗传背景,为马铃薯种质资源收集、新品种选育提供理论依据。