蛋白质-蛋白质相互作用是各种生物过程中非常重要的一部分,蛋白-蛋白相互作用研究中计算其结合自由能是非常关键的一部分,通过计算结合自由能我们可以判断结合的结构是否稳定,但是理论上计算蛋白质-蛋白质结合自由能仍然是一个巨大的挑战。传统的计算结合自由能的方法如自由能微扰、热力学积分、伞形抽样等往往涉及到计算一系列物理上不存在的中间状态,计算代价昂贵并且计算效果也未必理想。本文采用相互作用熵方法,最近它被成功应用于蛋白质-蛋白质和蛋白质-配体结合自由能计算。通过计算从分子动力学(MD)模拟提取的一系列蛋白质-蛋白质结合结构的相互作用能的波动以获得蛋白质-蛋白质结合过程中熵的损失,其他部分可以通过molecular mechanics/generalized Born surface area(MMPB/GBSA)方法来计算。同时,有很多研究发现蛋白内部不同的残基内部应该使用不同的介电常数,我们通过分析20个实际蛋白质-蛋白质相互作用系统的计算结果,发现蛋白质内部介电常数在结合自由能计算中起着重要作用,适当调整蛋白内部的介电常数可以提升结合能计算的准确性,主要结论是带电残基(侧链)需要更大的介电常数。