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蛋白质组是指一个基因组所编码的所有蛋白质的总和。蛋白质组方法学包括蛋白质组分离技术和蛋白质组鉴定技术。用于蛋白质分离的双向凝胶电泳技术是蛋白质组研究的核心，而鉴定技术是蛋白质组技术的基础。 本文以虎纹捕鸟蛛(selenocosmia huwena)粗毒为材料，对影响双向凝胶电泳结果的关键因素与环节予以优化，如样品处理、电泳参数和凝胶浓度等。结果表明：采用增溶排异的裂解法处理样品，选择适当的上样量，用预制的固相pH梯度胶-IPG胶条(pH3-10)进行第一向等电聚焦，并选用15％的均一胶进行第二向SDS电泳，可获得质量较好的双向电泳图谱。并以分离粗毒后凝胶为基础，对蛋白质组鉴定技术-图像分析，微量测序，肽质谱指纹图等进行了方法学上的探讨。将双向凝胶电泳后的凝胶印迹转移至PVDF膜上，随机对膜上分子量10kD以下的组分进行了N-端序列测定，鉴定到了虎纹捕鸟蛛毒素HWTX-1、HWTX-11、HWTX-1V和SHL-1在凝胶上的位置，同时发现了5种新的肽类毒素组分。并对双向凝胶电泳后银染显色的蛋白质斑点进行了MALDI-TOF-MS肽质指纹图分析，初步确定了10kD以上6个蛋白质在凝胶上的位置和发现了几种新的肽类组分。 以建立的蛋白质组研究技术为基础，对两性系温敏核不育水稻双低-S不同育性条件的减数分裂期花药蛋白质进行了研究，初步建立并优化了水稻蛋白质组分析的双向聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，达到了提高其分辨率和重复性的目的。以固相pH梯度等电聚焦为双向电泳的第一向，并优化电泳条件。结果表明：在增溶样品，设定合适的电泳参数，选择适当的SDS-PAGE的凝胶浓度等电泳条件下，能获得质量较好的凝胶图谱。并利用PDQUEST 2-D分析软件对扫描后的凝胶图谱进行了处理，获得了清晰度高的凝胶图谱；用不同域值对蛋白质斑点进行识别，第二章蛋白质组学方法学研究分别得到了1000多个斑点;通过初步的斑点配比，获得了温敏不育条件下与可育条件下花药蛋白质的差异蛋白质点图谱;利用2一D低分子量标准，对不育条件下的图谱进行了等电点与分子量初步确定;并对可育条件下花药蛋白质双向电泳凝胶上的45个蛋白质斑点作了等电聚焦和sDs~PAGE位置重复性分析:蛋白质斑点位置偏移沿等电聚焦轴为x.45土0.23mm，沿sDS一pAGE轴为1.15土0.17mm。并对经双向凝胶电泳分离的银染蛋白质点进行了部分点的肤质谱指纹图分析，初步对双向电泳凝胶上不育条件下花药蛋白质的20多个点作了归属。