随着近几年对肉制品需求层次的多样化，国内肉牛品种改良在科技的带动与支撑下速度飞速发展，各地出现了逐步稳定的杂交品系，本实验共采集了四个地方的肉牛样本来进行分析，通过不同的方式来加以验证分析目前的地方品种的育种效果，并且针对中国西门塔尔牛血样，通过发现分析候选基因多态与屠宰性状关联性，来综合分析该品种的基因稳定性，为进一步进行的品种改良提供参考依据。　　 本实验共采集了夏南牛138头，秦川牛136头，西杂牛176头以及中国西门塔尔牛60头的生长生产性状数据，主要包括了身高，体重，胴体重，眼肌面积，B超测定眼肌面积，背膘厚度，B超测定背膘厚度，B超测定肌间脂肪，眼肌重，西冷重，上脑重，高档肉重，大理石花纹级别等数据。　　 本实验共分为两部分，第一部分，对四个品种牛进行数据整理对比，关联分析，找出其屠宰性状规律，并且结合当时当地实际情况来分析实验数据结果；第二部分对采集的60份中国西门塔尔牛样本为研究材料，采用DNA测序、DNA序列分析、PCR-SSCP等技术，检测了MC3R，MC4R，Leptin基因的遗传变异，分析了其遗传结构和遗传多样性，并将上述3个基因的多态性与中国西门塔尔牛屠宰性状进行了关联性分析，以期获得相应的分子遗传学信息，探索这些基因对中国西门塔尔牛的遗传效应，找到对重要经济性状具有显著效应的遗传标记，以期对中国西门塔尔的育种改良提供参考。　　 值得注意的是，本实验在收集生长生产性状的过程中，引入兽用B超对品种牛进行了部分生产性状活体检测，并收集了屠宰后的该指标进行关联分忻，发现不同品种时间关联系数不同，在遗传稳定的品种内，可以构建关联系数，从而更准确高效的的服务育种工作。　　 实验结果如下：　　 实验第一部分：　　 采用SPASS17.0对采集数据进行归纳比较得出以下结论：　　 1、在体重、胴体重、高档肉重的比对中，西杂牛高于夏南牛，夏南牛高于秦川牛，差异均极显著。在眼肌面积比对中，夏南牛与西杂牛极显著高于秦川牛。在背膘厚度的比对中，秦川牛极显著高于夏南牛和西杂牛。　　 2、秦川牛内不同性别屠宰性状比对　　 在秦川牛中进行的不同性别的比对中可以看出，阉牛的各类数据都表现非常突出，在体高、体重、背膘厚度、西冷肉重以及上脑肉重方面与公母牛相比差异极显著。　　 3、不同品种内，眼肌面积与屠宰性状关联性　　 眼肌面积在与屠宰性状关联分析中可以看山，在夏南牛中，眼肌面积与胴体重，眼肌重，高档肉重呈现强相关，秦川牛中眼肌面积与西冷重呈现强相关，西杂牛中，眼肌面积与胴体重，眼肌重，西冷重呈现强相关。　　 4、兽用B超活体测定数据与实测数据关联性　　 在活体测定的眼肌面积、背膘厚度与屠宰后的该性状进行关联分析过程中可以看出，整体呈现中度相关。　　 实验第二部分：　　 1.本实验共检测了三个基因的多态性，对MC3R与MC4R基因进行PCR-SSCP检测并进行双向测序，没有发现多态位点，在对Leptin基因检测中，共发现了四个多态位点，分别为S978，S3521，S3822以及S4091位点，S978位于5’非翻译区内，而S3521，S3822，S4029均处在3’UTR区域内。由于携带S4091位点突变的个体数仅有一个，我们在此不做深入分析，其余三个突变位点均表现为低度多态(PIC<0.25)，独立性检验结果差异不显著，处于HardyWeinberg平衡状态，AA基因为在该群体中优势基因型，这些数据说明了这三个基因在该群体内高度保守。　　 由于整群牛是乌拉盖牧场自繁自养的中国西门塔尔牛，在相对封闭的环境内，群体自身遗传信息逐步稳定，也是低度多态位点的原因之一。　　 2.在多态位点与屠宰性状的关联分析中发现，5’非翻译区内S978，3’UTR区域内S3521与屠宰性状关联性较强，3’UTR区域内S3822为沉默突变。　　 S978突变能够显著影响肌间脂肪含量，突变杂合子AB基因型肌间脂肪显著高于纯合子S978AA基因型，S3521突变不仅能够显著影响到肌间脂肪，而且对胴体重和眼肌面积也有非常显著的影响，携带S3521突变AB基因型的个体肌间脂肪、胴体重、眼肌面积均极显著高于AA基因型个体。位于3‘UTR区域的沉默突变S3822位点的不同基因型之间有差异但是没有达到显著水平，没有对屠宰性状指标呈现出显著相关联性，尽管沉默突变没有改变氨基酸的组成，但也可能改变了蛋白的合成速度，因此对生物体产生不显著影响，促进动物生长，该结论有待进一步的试验证明。