科技企业孵化器是上世纪50年代出现在美国的一种新型社会经济组织。中国科技企业孵化器起步于1987年，20多年过去后，我国已成为世界上孵化器数量仅次于美国的第二大国。不可否认，我国政府在企业孵化器的发展中所起的巨大推动作用，但同时，这也一方面造成孵化器对政府的过分依赖，政府自己背上了沉重的包袱；另一方面也捆住了企业孵化器的手脚，使得企业孵化器内部机制僵化，不利于员工发挥聪明才智，不利于企业孵化器服务的创新。因此，企业孵化器必须实行企业化运作。本文针对这些问题，在前人已有的孵化器理论基础上，分别运用系统分析、比较研究、实例分析等方法对孵化器企业化运作机制进行研究。首先是国内外相关相关文献综述；然后探讨了孵化器企业化运作的内涵；接着介绍了国内外孵化器的发展现状，为我国孵化器的发展找准方向；然后分别研究了政府主导下的孵化器与企业化运作下的孵化器的治理结构，指出我们必须严格按照现代企业制度建立孵化器；筛选及毕业机制方面，构建了企业化运作下孵化器入孵企业和毕业企业的评价指标体系；服务机制方面，重点介绍了融资服务，指出孵化器与风险投资的直接融合才能满足我国中小企业不断发展的需要；盈利机制方面，指出风投可能成为企业化运作下的孵化器最主要的收入来源；最后研究了天津某科技企业孵化器的运作情况，分析运作上存在的问题，得出必须进行企业化运作的结论，也给出了这方面的一些建议。