根据《宪法》和《审计法》的规定，部门预算执行审计是审计机关的基本职责，是国家审计的永恒主题。准确把握中央决策部署的重点、围绕各项改革措施的重点和方向开展部门预算执行的绩效审计是实现深化财政、行政管理体制等重点领域和关键环节改革和推动完善公共财政和政府预算体系的重要实施手段。审计通过及时揭示和反映财政政策执行和预算执行的效果、预算单位的预算管理状况、行政不作为、乱作为等现象，深入挖掘影响经济长期健康发展的体制性、结构性矛盾，对建立和完善现代公共财政制度具有重大的意义。本文首先从部门预算编制制度的发展历程谈起，对部门预算执行的绩效审计的相关概念和特点进行了介绍，总结了政府绩效审计的几种模式、部门预算执行的绩效审计取得的成绩和存在的问题。其次，针对上述对部门预算执行绩效审计的分析，从审计计划、审计实施、审计报告和整改三个阶段介绍部门预算执行绩效审计的操作流程，具体包括：审计目标定位、审计对象选择、审计内容、审计组织方式和审计技术方法五个方面的操作流程。在前面理论研究的基础上，对W审计机关开展部门预算执行绩效审计情况进行案例分析。W审计机关开展部门预算执绩效审计的现状是我国部门预算执行绩效审计的一个缩影。本文详细阐述了W审计机关部门预算执行绩效审计的操作流程；以对两个项目进行对比分析的方式介绍部门预算执行绩效审计的具体实施情况。本文的论述希望能给其他部门预算执行审计方面的研究起到抛砖引玉的作用。