随着生物芯片的发展和应用，快速准确地从生物芯片中获取生物信息成为一个关键课题。目前生物芯片的扫描和图像数据的处理分析分别是由成像装置和台式计算机来完成的，分析过程复杂，并且需要手工进行控制操作。而嵌入式系统可以实现生物芯片扫描和分析的一体化。DSP芯片对大量信号的高速实时处理能力正好满足了分析生物芯片图像的要求。本文设计并实现了基于DSP和嵌入式处理器协同工作的生物芯片扫描分析系统，并着重叙述了整个系统的架构以及系统的DSP软件设计。 第一章综述了生物芯片、嵌入式系统和数字信号处理器DSP的发展现状，并提出了课题研究工作的意义。 第二章介绍了TI公司的DSP TMS320C6211的硬件结构、软件开发工具CCS和Motorola的嵌入式处理器MPC823e以及嵌入式操作系统。 第三章论述了生物芯片扫描分析系统的使用流程和整体结构。硬件设计的核心是DSP TMS320C6211，嵌入式处理器MPC823e以及两者之间的连接，软件设计分别是基于DSP／BIOS和嵌入式LINUX的。 第四章对系统中DSP的软件设计进行了详细的论述。包括DSP和MPC823e的交互和DSP软件的六个子任务软件模块：数据扫描采样的控制、数据处理、调节PMT增益、更新程序和参数、中断扫描。 第五章讨论了系统测试遇到的问题，并提出了相应的解决方法。 第六章给出了本文研究的主要结论，并对系统进一步的优化工作进行展望。