脑胶质瘤IDH基因突变HRM检测方法的建立

被引量 : 0次 | 上传用户:ait123123
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
异柠檬酸脱氢酶(isocitrate dehydrogenase)IDH1基因定位于2q33.3染色体上,全长18,841bp,其中包括9个内含子和10个外显子;IDH2基因定位于15q26.1,全长18,498bp,其中包括11个内含子和12个外显子。它们编码的异柠檬酸脱氢酶参与TCA循环,催化异柠檬酸生成α-酮戊二酸,与细胞缺氧诱导因子(HIF)的稳定性相关,而HIF表达与肿瘤不同的恶性行为相关。已有文献报道在大部分胶质瘤中有IDH基因突变的患者有良好的预后效果。因此通过检测IDH突变可对胶质瘤患者的预后作出一定的预测,对临床工作有指导意义。本文拟通过提取胶质瘤石蜡包埋组织DNA,优化PCR反应条件,初步建立IDH基因突变高分辨率熔解曲线(high resolution melting, HRM)检测方法,验证反应体系的检测灵敏度和稳定性。通过与DNA直接测序法和免疫组化法的比较,统计分析标本参数与qPCR-HRM检测IDH1基因突变结果的相关性,探讨qPCR-HRM法检测IDH基因突变的优势和临床应用的可行性。首先对HRM检测技术参数进行优化:提取脑胶质瘤患者石蜡包埋组织标本标本中DNA,采用温度梯度PCR、正交设计和响应面实验,优化IDH的qPCR-HRM反应体系和反应条件。分别将IDH基因野生型和突变型DNA梯度混合稀释,进行qPCR-HRM反应,并将扩增产物进行DNA直接测序,比较两种方法的最低检出限。将IDH突变型和野生型胶质瘤标本同时重复检测15次;以及每隔30天检测一次,共检测3次,观察qPCR-HRM方法的重复性。将IDH基因突变型DNA依次稀释后进行qPCR-HRM检测,分析最低检测模板量。其次是对51例人胶质瘤标本进行IDH基因突变检测:对石蜡包埋组织标本进行切片,行HE染色和IDH1免疫组化检测;提取胶质瘤组织DNA,按照优化的qPCR-HRM反应条件进行IDH基因突变检测,并与DNA直接测序法比较。观察统计分析标本中肿瘤细胞数量、患者年龄、性别和胶质瘤分级与突变检出结果之间的相关性并进行统计学分析。采用SPSS13.0统计软件进行数据处理分析,组间检出率的比较采用卡方检验,多因素与突变检出结果的相关性分析采用logistic回归分析,选取检验水准α=0.05。结果显示:IDH1基因的qPCR最佳退火温度为53℃,20μl反应体系中最佳反应体系为:引物浓度为0.6μmol/L,Mg2+为2.5mmol/L,模板DNA为60ng。IDH2基因响应面分析结果证明20μL qPCR-HRM反应体系中,引物浓度0.6umol/l,模板量45ng,Mg2+浓度2.75mmol/l,退火温度52.5℃为最佳。IDH1和IDH2qPCR-HRM法的最低检出限分别为0.5%、1%;IDH1和IDH2直接测序法的最低检出限分别为40%、80%,提示qPCR-HRM方法比直接测序法灵敏度高。IDH1和IDH2的qPCR-HRM重复性检测显示批内批间的重复性良好。qPCR-HRM方法检测IDH1和IDH2基因的DNA模板量最低分别为0.5ng和1ng。在51例人胶质瘤标本中,qPCR-HRM法共检测出33例脑胶质瘤石蜡组织标本为IDH1基因突变型,2例脑胶质瘤石蜡组织标本为IDH2基因突变型,其余均为野生型。经统计分析IDH基因突变的HRM检测结果与DNA直接测序和免疫组化检测法一致。logistic回归分析结果表明标本肿瘤细胞数量、患者年龄、性别与IDH1基因突变检出率有显著性关系(P>0.05)。综上所述,本研究建立的脑胶质瘤IDH基因突变qPCR-HRM检测方法具有灵敏度高,重复性好,操作简便,结果准确特点,将为临床胶质瘤石蜡包埋组织标本IDH基因突变的检测提供了一种新方法。
其他文献
建筑外窗是建筑围护结构的重要组成部分,具有隔热、保温、采光、通风等多种功能,建筑外窗对室内环境的影响复杂多样,对建筑外窗的选择设计也提出了更高要求。随着建筑节能的大力
水是生命之源、生产之要、生态之基,是人类生存和发展不可缺少的重要资源,是人们生产与生活中的必需品。在我国水资源危机长期以来得不到重视,水资源短缺、水污染等问题已经成为
超-超引射器可以减小引射系统的总体尺寸,同时还具有提高系统性能的潜在优势。然而,目前对超-超引射器内的流动特性以及两股超声速射流在引射管道约束下的相互作用及其混合过程鲜
纤维素作为地球上最丰富的可再生生物资源,具有价格低廉、产量丰富的特点,以天然纤维素为原料来获得纳米纤维素的各种制备手段已经非常成熟。纳米纤维素作为生物高聚物增强相,具
电动公交客车以其零排放和不依赖化石能源的特点,成为公共交通汽车行业未来的发展方向。然而,由于电动公交客车载荷大、加减速频繁等特点,导致其存在能耗大、能量利用率低、续驶
内容分发网络(Content Delivery Network, CDN)是一项针对网站的加速服务,通过在各地部署边缘节点,以廉价的存储空间来弥补高昂的传输费用,提升了用户访问速度。然而随着网站规模
随着全球经济的迅速发展,石化、化工和室内装饰等行业生产过程中产生的挥发性有机化合物(VOCs)的排放量日益加剧,对人类健康及环境安全的危害也日趋严重。空气中VOCs的脱除方法
随着我国资本市场的发展和商业银行业务范围的扩展,利息收入作为商业银行的主要收入来源,在其总体经营收入中的比重逐年缩小,而中间业务收入占银行经营收入的比重却在每年逐步增
本论文从接种菌剂、培养液营养源、培养液pH等方面系统地研究了乳酸菌降解亚硝酸盐的机理,并将其应用到发酵萝卜中。试验结果如下:1、四株乳酸菌在MRS体系中降解亚硝酸盐效果如
电磁带隙结构以其独特的性能吸引广大学者的研究兴趣,并已在微波领域尤其是天线领域得到广泛的应用。但是随着集成化电路的发展和频分复用技术的推广,当前的出现的电磁带隙结构